Une société en liquidation réclamait 186 303 € de crédit d'impôt recherche complémentaire au titre des exercices 2015 à 2018, en soutenant que ses dépenses de personnel devaient être calculées sur les heures réellement travaillées et non sur les heures payées. Le tribunal administratif de Melun a rejeté la demande le 1er juillet 2026. Le motif retenu mérite d'être lu de près : aucun texte ne prévoit cette méthode. La réciproque est vraie aussi, et personne ne l'a jamais dit au juge.
Aucun texte ne fixe le dénominateur du prorata
L'article 244 quater B, II, b du CGI vise « les dépenses de personnel afférentes aux chercheurs et techniciens de recherche directement et exclusivement affectés à ces opérations ». L'article 49 septies G de l'annexe III au CGI définit qui compose le personnel de recherche, l'article 49 septies I de la même annexe ce que recouvre la dépense : rémunérations, accessoires, cotisations sociales obligatoires. Aucun de ces textes ne mentionne d'heures ni de base horaire de référence.
Le tribunal administratif de Melun le constate : « aucune disposition législative ou réglementaire […] ne prévoit que pour le calcul des dépenses de personnel il convient de ne prendre en compte que le nombre d'heures réellement travaillées par le personnel de recherche ». L'affirmation est exacte, et symétrique : aucun texte ne prescrit davantage les heures payées. En contentieux de restitution, où la charge de la preuve pèse sur le demandeur, ce silence profite mécaniquement à l'administration.
Le BOFiP retient « le total d'heures travaillées », le Guide du CIR 2025 ne le reprend pas
Une seule source administrative fixe un dénominateur, rarement citée. Le BOI-BIC-RICI-10-10-20-20, n° 300, dispose en son troisième alinéa : « Ce prorata d'affectation permettant de déterminer la part de rémunération des personnels non affectés exclusivement à des opérations de recherche prise en compte dans la base de calcul du CIR, est donc calculé en rapprochant le nombre d'heures (ou jours) consacrés à la recherche par rapport au total d'heures travaillées. Ce prorata est ensuite appliqué à la totalité du salaire des personnels concernés dès lors qu'il constitue la contrepartie des heures travaillées y compris des congés payés. »
Les congés payés restent donc dans le salaire auquel s'applique le prorata, mais sortent du dénominateur. L'écart n'est pas théorique. Sur la base de l'exemple du BOFiP (35 heures hebdomadaires, 47 semaines travaillées, 5 semaines de congés), 822,5 heures de recherche représentent 50 % de 1 645 heures travaillées, mais 45,2 % de 1 820 heures payées. Près de cinq points d'assiette.
Cette rédaction figurait déjà au n° 40 de la version du 6 mai 2015 du même BOI.
Le Guide du CIR 2025 du ministère chargé de la recherche est en retrait. Il pose le prorata « du temps effectivement consacré à ces opérations » et rappelle que les entreprises « doivent donc établir le temps réellement passé à la réalisation d'opérations de R&D, toute détermination forfaitaire étant exclue ». Sur le dénominateur, rien.
Aucune juridiction n'a jamais tranché la question du dénominateur
Aucune décision ne statue sur la composition du dénominateur : ni sur le choix entre heures travaillées et heures payées, ni sur une durée annuelle de référence, ni sur le sort des RTT et des jours fériés. Le Conseil d'État ne s'est prononcé ni sur le prorata d'affectation, ni sur le coût horaire, ni sur la valeur probante des relevés de temps en CIR.
L'explication tient au déroulement des contentieux : les cours n'atteignent jamais le dénominateur parce qu'elles rejettent en amont, au numérateur. La CAA de Toulouse a écarté des tableaux horaires « qui n'ont pas date certaine et ont subi des retraitements non explicités par la société » et des attestations établies « entre sept et dix ans après les faits » (1re ch., 10 avr. 2025, n° 23TL00758), puis des tableaux récapitulatifs produits « sans préciser l'origine de ces informations » (1re ch., 11 juin 2026, n° 24TL01593). Le tribunal administratif de Melun n'a pas fait autrement : la requérante ne produisait « que des tableaux dénués de justifications ». Sur la justification des dépenses de personnel, l'exigence est stabilisée.
Absences et arrêts maladie ne réduisent pas l'assiette, et le forfait n'est pas prohibé
Une décision approche la question, et elle est favorable au contribuable. Statuant sur une décote forfaitaire de 5 % appliquée aux salaires de chercheurs, la CAA de Versailles a jugé que « aucune disposition ou principe ne s'oppose à une évaluation forfaitaire du temps consacré aux activités éligibles au crédit d'impôt recherche », que la formation, les réunions de suivi et la rédaction de rapports « constituent l'accessoire nécessaire et indispensable des opérations de recherche », et surtout qu'« il n'y a pas davantage lieu de tenir compte d'éventuelles autorisations d'absence accordées aux salariés concernés ou d'arrêts de travail pour maladie » (3e ch., 27 nov. 2018, n° 17VE00189). La logique est transposable : le temps non travaillé n'a pas vocation à rogner l'assiette. Réserve, le personnel y était exclusivement affecté et le litige portait sur une décote, non sur un prorata.
Le premier de ces apports crée une divergence avec la doctrine. La CAA de Nantes a pour sa part écarté des feuilles de saisie qui « se bornent à indiquer forfaitairement sept heures quotidiennes, durant 193 jours, sans aucune autre précision », en jugeant qu'« une telle détermination forfaitaire est insuffisante » (1re ch., 28 nov. 2023, n° 22NT02905). Le BOFiP et le Guide du CIR excluent le forfait, la CAA de Versailles non. La conciliation se joue sur la qualité du reste du dossier, notamment l'identification des tâches réellement éligibles à l'assiette.
En restitution, le BOFiP est inopposable : la ligne de partage de l'imputation
Reste un obstacle procédural qui neutralise le n° 300 dans la plupart des dossiers. Le tribunal administratif de Melun juge que « dès lors que la décision refusant de rembourser un crédit d'impôt ne constitue pas un rehaussement d'imposition, la société requérante ne saurait utilement se prévaloir de la doctrine administrative ». C'est la reprise du Conseil d'État, qui a posé en matière de CIR que « la décision refusant de rembourser un crédit d'impôt ne constitue, par suite, ni un rehaussement d'imposition ni un redressement » (CE, 10e-9e ss-sect., 3 oct. 2012, n° 342386). Le moyen est d'ordre public.
La ligne de partage est ailleurs. Le Conseil d'État juge que « la remise en cause par l'administration fiscale d'un crédit d'impôt qui a été imputé sur l'imposition primitive d'un contribuable constitue un rehaussement au sens et pour l'application des dispositions du premier et du second alinéa de l'article L. 80 A du livre des procédures fiscales » (CE, 9e-10e ch., 20 juin 2023, n° 462501, Lebon B). La fraction imputée puis remise en cause ouvre donc le terrain du rehaussement, sur lequel le n° 300 redevient opposable. Une créance de CIR non imputée dont le remboursement est refusé n'y donne pas accès : le débat se déplace sur la loi fiscale, qui est muette.
Le dénominateur du prorata reste un choix méthodologique que le droit positif n'arbitre pas. La base horaire annuelle retenue, le traitement des congés payés, des RTT et des absences doivent donc être explicités dans le dossier justificatif plutôt que dissimulés derrière un pourcentage d'affectation brut. Quant à la position déclarative, imputation ou demande de restitution, elle se décide avant la réclamation : elle commande à elle seule l'opposabilité de la doctrine.
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Sources : TA Melun, 3e ch., 1er juillet 2026, n° 2301831
