Un organisme de recherche agréé par le ministère de la Recherche bénéficie d'une reconnaissance officielle de sa capacité à mener des travaux de R&D. Cette qualité permet à ses donneurs d'ordre de déclarer au CIR les dépenses de sous-traitance qui lui sont confiées, sous réserve que ces dépenses correspondent à de véritables opérations de recherche.
La question se pose : l'agrément ministériel dispense-t-il le donneur d'ordre de prouver que les travaux ont effectivement été réalisés ? La CAA de Marseille répond par la négative dans un arrêt du 3 décembre 2019. L'agrément reconnaît la capacité de l'organisme à mener des travaux de R&D, mais ne présume pas de la réalisation effective d'un projet éligible au CIR.
Cette décision rappelle que l'agrément facilite la démonstration de l'éligibilité, mais ne dispense pas de prouver la nature et la réalité des travaux sous-traités. L'obligation de preuve reste à la charge du donneur d'ordre, y compris lorsque le sous-traitant est agréé.
Le rôle et la portée de l'agrément CIR : reconnaissance de capacité, non présomption d'éligibilité
L'article 244 quater B II d bis) du CGI prévoit que sont éligibles au CIR « les dépenses exposées pour la réalisation d'opérations de même nature confiées à des organismes de recherche privés agréés par le ministre chargé de la recherche, ou à des experts scientifiques ou techniques agréés dans les mêmes conditions ».
L'agrément ministériel constitue un dispositif de sécurisation pour les donneurs d'ordre. Il permet de confier des opérations de recherche à un organisme dont la capacité à mener des travaux de R&D a été reconnue par le ministère de la Recherche.
L'obtention de l'agrément repose sur un examen de l'organisme candidat. Le ministère vérifie que l'organisme dispose des compétences techniques, des moyens humains et matériels, et de l'expérience nécessaires pour mener des opérations de recherche pour le compte de tiers. L'agrément est délivré pour une durée déterminée et peut être renouvelé.
Pour le donneur d'ordre, recourir à un organisme agréé présente un avantage pratique. L'éligibilité des dépenses de sous-traitance confiées à cet organisme est facilitée. Le donneur d'ordre n'a pas à démontrer que le sous-traitant dispose des compétences nécessaires pour mener les travaux de R&D. Cette démonstration est présumée acquise par l'agrément.
Toutefois, l'agrément ne couvre qu'un aspect de la démonstration de l'éligibilité : la capacité de l'organisme sous-traitant à mener des travaux de R&D. Il ne présume pas de deux autres éléments essentiels.
Premier élément : la nature des travaux effectivement confiés. L'agrément reconnaît que l'organisme peut mener des opérations de recherche. Il ne garantit pas que toutes les prestations qu'il réalise constituent effectivement de la R&D. Un organisme agréé peut également réaliser des prestations de développement classique, de maintenance ou de conseil qui ne sont pas éligibles au CIR.
Second élément : la réalité de l'exécution des travaux. L'agrément atteste de la capacité de l'organisme, pas de l'exécution effective des prestations. Le donneur d'ordre doit prouver que les travaux ont été réellement réalisés par le sous-traitant et qu'ils correspondent aux opérations de recherche déclarées.
La CAA de Marseille formule ce principe avec clarté : « l'agrément délivré par le ministère chargé de la recherche, qui reconnaît à une entreprise la qualité d'organisme exécutant des travaux de recherche et développement en tant qu'organisme de recherche privé, a pour seul objet la reconnaissance de la capacité de cette entreprise à mener ce type de travaux pour le compte de tiers. Il ne présume pas de la réalisation effective d'un projet dont les dépenses seraient sans autre condition, éligibles au crédit d'impôt recherche ».
L'affaire jugée par la CAA de Marseille : insuffisance de la documentation malgré l'agrément
L'entreprise exerçait une activité de développement de solutions logicielles. Elle avait conduit deux projets de recherche : le développement expérimental d'un outil générique d'aide à la création d'applications multi-device, et le développement expérimental de nouveaux concepts et solutions de containers.
Une partie des travaux de recherche avait été sous-traitée à deux filiales du groupe situées en Pologne et au Royaume-Uni. Ces deux filiales bénéficiaient d'un agrément du ministère de la Recherche en qualité d'organismes de recherche privés.
L'entreprise avait déclaré au CIR les dépenses de sous-traitance confiées à ces deux filiales pour un montant de 29 395 euros. L'administration fiscale a rejeté ces dépenses au motif que l'entreprise n'avait pas suffisamment démontré la réalité des travaux de recherche effectués par les filiales sous-traitantes.
L'entreprise a produit plusieurs éléments pour justifier l'éligibilité de ces dépenses. Elle a transmis les contrats conclus avec les sociétés sous-traitantes, les tableaux récapitulant les tâches et le temps passé par les salariés des deux filiales, les descriptifs techniques de résultats, et les factures concernant les opérations de recherche.
L'entreprise faisait également valoir que les deux filiales sous-traitantes étaient agréées par le ministère de la Recherche. Cet agrément devait, selon elle, suffire à établir que les travaux confiés constituaient bien des opérations de recherche éligibles au CIR.
La CAA de Marseille a rejeté cette argumentation. Elle a considéré que les éléments produits ne permettaient pas de démontrer la réalisation de travaux de recherche et développement effectués par les filiales polonaise et britannique.
La cour précise que l'agrément reconnaît seulement la capacité des filiales à mener des travaux de R&D pour le compte de tiers. Il ne dispense pas l'entreprise donneuse d'ordre de prouver que les travaux sous-traités ont effectivement été réalisés et qu'ils constituent bien des opérations de recherche au sens de l'article 244 quater B du CGI.
La cour conclut que « c'est par une exacte application des dispositions du d) bis de l'article 244 quater B du code général des impôts que le service a refusé de prendre en compte les dépenses de sous-traitance litigieuses dans l'assiette du crédit d'impôt recherche ».
L'arrêt ne précise pas quel élément de preuve manquait précisément. Mais il ressort de la décision que les contrats, tableaux de temps, descriptifs techniques et factures produits ne suffisaient pas à établir la nature et la réalité des travaux de R&D sous-traités.
Implications pratiques : documenter l'éligibilité au-delà de l'agrément du sous-traitant
L'arrêt de la CAA de Marseille impose une vigilance particulière dans la documentation des dépenses de sous-traitance confiées à des organismes agréés.
L'agrément du sous-traitant dispense le donneur d'ordre de prouver un seul élément : la qualification de l'organisme sous-traitant en tant qu'organisme de recherche. Cette qualification est présumée acquise par l'agrément ministériel.
En revanche, trois éléments restent à la charge du donneur d'ordre et doivent être documentés.
Premier élément : la nature des opérations confiées. Le contrat de sous-traitance doit identifier précisément les opérations de recherche confiées au sous-traitant. Il doit établir le lien entre ces opérations et le projet de R&D mené par le donneur d'ordre. Une simple mention « prestations de développement » ou « services de conseil » ne suffit pas. Le contrat doit caractériser l'incertitude technique que les opérations sous-traitées visent à lever.
Deuxième élément : la réalité de l'exécution des travaux. Les livrables techniques doivent matérialiser les travaux effectivement réalisés par le sous-traitant. Un rapport technique détaillé, des résultats d'essais, des prototypes développés, ou tout autre élément tangible démontrant que les opérations de recherche ont été menées constituent des preuves de la réalité de l'exécution.
Dans l'affaire jugée par la CAA de Marseille, les descriptifs techniques produits ont été jugés insuffisants. Il est probable qu'ils ne détaillaient pas suffisamment la démarche scientifique ou technique mise en œuvre, ou qu'ils ne permettaient pas de vérifier que les travaux correspondaient bien à des opérations de recherche au sens du CIR.
Troisième élément : la traçabilité des travaux réalisés. Les tableaux de temps passé par les salariés du sous-traitant doivent être suffisamment détaillés pour permettre de vérifier que les travaux déclarés ont effectivement été réalisés. Un tableau global mentionnant uniquement un nombre d'heures par projet ne suffit pas. La traçabilité doit permettre d'identifier les tâches réalisées, leur lien avec les opérations de recherche, et le temps effectivement consacré à ces tâches.
La CAA de Marseille rappelle également que l'opposabilité des agréments sur le fondement de l'article L. 80 B du LPF ne peut être invoquée. L'agrément délivré au sous-traitant ne constitue pas une prise de position formelle de l'administration sur l'éligibilité des dépenses confiées à cet organisme par un donneur d'ordre particulier.
Conclusion
L'agrément ministériel d'un organisme de recherche privé facilite la démonstration de l'éligibilité des dépenses de sous-traitance, mais ne dispense pas le donneur d'ordre de prouver la nature et la réalité des travaux sous-traités.
La CAA de Marseille pose un principe clair : l'agrément reconnaît la capacité de l'organisme à mener des travaux de R&D, il ne présume pas de la réalisation effective d'opérations de recherche éligibles au CIR.
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Source : CAA de MARSEILLE, 4ème chambre, 03/12/2019, 18MA05167.
