Les sociétés de biotechnologie, de chimie et de recherche appliquée qui conduisent leurs travaux dans des incubateurs, plateformes mutualisées ou laboratoires universitaires intègrent fréquemment dans leur assiette CIR les factures correspondant à l’accès à ces structures. Le Tribunal administratif de Versailles vient de rappeler que cette dépense n’entre pas dans la base de calcul du crédit d’impôt recherche, quelle que soit la nature de l’organisme hôte, dès lors que la société réalise elle-même les opérations de recherche dans les locaux mis à disposition (TA Versailles, 5e ch., 2 févr. 2026, n° 2308274).
Le cadre légal de la sous-traitance CIR
Le d) du II de l’article 244 quater B du CGI admet dans l’assiette CIR les « dépenses exposées pour la réalisation d’opérations de recherche confiées à des organismes de recherche publics ou assimilés », et le d bis) les dépenses confiées à des organismes privés agréés par le ministre chargé de la recherche. La clé de ces deux catégories est le mot « confiées » : il faut que les opérations de recherche soient déléguées à l’organisme, qui les exécute pour le compte de l’entreprise. Lorsque l’entreprise réalise elle-même les travaux dans les installations de l’organisme, la condition n’est pas remplie : il n’y a pas de sous-traitance mais une simple mise à disposition de moyens.
Les faits : des factures d’accès à une plateforme et à des équipements
La société en cause, spécialisée dans la recherche et le développement en biotechnologies, contestait le refus de prise en compte de cinq factures dans sa base CIR 2022. Trois étaient émises par une société privée agréée au titre d’une convention d’accès aux laboratoires et équipements conclue en 2021, pour des montants correspondant à des frais d’utilisation des installations (loyer de laboratoire), ainsi qu’à des frais d’électricité, d’eau et de gestion des déchets biologiques. Une quatrième facture, émise par une école d’ingénieurs, correspondait à la mise à disposition d’une plateforme technique.
La société soutenait que ces dépenses avaient été intégralement exposées pour les besoins de ses opérations de recherche et de développement, et qu’elles devaient à ce titre être intégrées dans la base de calcul du CIR.
La solution : la société conduisait elle-même les recherches
Le tribunal rejette le moyen sur un point de fait déterminant : « la société ne conteste pas avoir elle-même réalisé les opérations de recherche en cause au sein des structures ayant émis les factures en litige ». Cette concession était fatale. Dès lors que les travaux étaient accomplis par le personnel de la société dans les locaux de l’organisme agréé, les sommes versées ne correspondaient pas à la réalisation d’opérations « confiées » au sens du d) ou du d bis) de l’article 244 quater B. Les factures renvoyaient à une prestation d’hébergement et de mise à disposition d’équipements, non à l’exécution de travaux de recherche pour compte d’autrui.
La décision est fondée sur le d) mais le raisonnement vaut identiquement pour le d bis) : l’agrément de l’organisme hôte ne suffit pas à qualifier la dépense de sous-traitance si l’objet de la convention ne porte pas sur l’exécution d’opérations de recherche. L’agrément de l’organisme est une condition nécessaire, pas suffisante.
La distinction centrale : prestation de recherche vs mise à disposition de moyens
Deux types de conventions avec un organisme agréé produisent des effets radicalement différents au regard du CIR.
La première est la convention de sous-traitance de recherche : l’organisme agréé s’engage à exécuter des travaux de recherche définis pour le compte de l’entreprise, avec ses propres moyens humains et matériels. La facturation porte sur une prestation intellectuelle et technique. Les dépenses correspondantes entrent dans la base CIR sous le d bis).
La seconde est la convention d’accès aux installations : l’organisme met à disposition ses locaux, équipements ou plateformes, et l’entreprise y conduit ses propres recherches avec son propre personnel. La facturation porte sur une mise à disposition de moyens — loyer, charges, consommables. Ces dépenses relèvent, si elles sont éligibles, des autres catégories de l’article 244 quater B, notamment le a) pour les dotations aux amortissements ou le b) pour les dépenses de personnel, mais pas du d bis). Une convention mixte — combinant mise à disposition et réalisation de certains travaux par l’organisme — doit faire l’objet d’une ventilation précise.
Les dépenses de fonctionnement ne compensent pas l’absence de sous-traitance
La société avait également inclus dans les factures contestées des frais d’électricité, d’eau et de gestion des déchets biologiques. Ces charges, même directement liées aux opérations de recherche, ne peuvent pas être requalifiées en sous-traitance agréée. Elles constituent des charges d’exploitation refacturées par l’organisme hôte. Leur éligibilité éventuelle au CIR dépend des règles applicables aux dépenses de fonctionnement de la base CIR — calculables forfaitairement à partir des dotations aux amortissements et des dépenses de personnel — et non de leur nature intrinsèque.
Implications pratiques pour la structuration des conventions
Pour les sociétés qui travaillent dans des structures mutualisées — incubateurs, hôtels à projets, plateformes universitaires, biopôles — trois précautions s’imposent avant d’intégrer les factures de l’organisme hôte dans la base CIR.
La première est la qualification contractuelle. La convention doit spécifier que l’organisme s’engage à réaliser des opérations de recherche définies, et non simplement à mettre des moyens à disposition. Une clause de résultats ou de livrables technique est un marqueur utile.
La deuxième est la facturation. Les factures doivent faire apparaître la nature des prestations — exécution de protocoles de recherche, analyses, synthèses — et non seulement des postes de coûts fixes (loyer de laboratoire, fluides). Un mélange de lignes « prestation de recherche » et « mise à disposition » impose une ventilation explicite.
La troisième est la traçabilité de l’exécution. Si la convention est qualifiée de sous-traitance, l’organisme agréé doit pouvoir justifier des travaux accomplis — comptes rendus d’études, rapports d’essais, fiches techniques. L’absence de tels éléments dans le dossier CIR affaiblit la qualification au stade du contrôle, indépendamment de la rédaction contractuelle.
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Pour aller plus loin : Art. 244 quater B, II, d) et d bis) du CGI ; Art. 49 septies F de l’annexe III au CGI ; TA Versailles, 5e ch., 2 févr. 2026, n° 2308274
