Deux décisions rendues à dix jours d’intervalle par des juridictions versaillaises — l’une par la Cour administrative d’appel, l’autre par le Tribunal administratif — tranchent la même question sur la même société, le même dirigeant-docteur, et aboutissent à des solutions inverses selon l’exercice en cause. Le doublement des dépenses de jeune docteur prévu au b) du II de l’article 244 quater B du CGI est accordé pour 2021, refusé pour 2020. Lire ces deux décisions ensemble est plus instructif que chacune prise isolément.
Le dispositif et ses conditions cumulatives
Le b) du II de l’article 244 quater B du CGI prévoit que les dépenses de personnel afférentes aux chercheurs titulaires d’un doctorat sont prises en compte pour le double de leur montant pendant les vingt-quatre premiers mois suivant leur premier recrutement, sous trois conditions cumulatives : un contrat de travail à durée indéterminée, un premier recrutement postérieur à l’obtention du doctorat pour des fonctions en lien avec ce niveau de formation, et un effectif de personnel de recherche salarié non inférieur à celui de l’année précédente. La condition de CDI suppose un lien de subordination caractérisé. C’est sur ce terrain que se joue l’essentiel du contentieux impliquant des dirigeants-fondateurs titulaires d’un doctorat.
Même société, même dirigeant, deux exercices, deux résultats
La société en cause exerce une activité d’analyse et de contrôle en matière de qualité de l’eau. Son directeur de la recherche et développement est également l’un de ses fondateurs, actionnaire majoritaire et président depuis la constitution de la société en avril 2019. Il est titulaire d’un doctorat obtenu en juillet 2018. La société a sollicité le doublement des dépenses de personnel le concernant au titre des années 2020 et 2021, en faisant valoir l’existence d’un contrat de travail à durée indéterminée conclu verbalement dès son embauche en septembre 2019 — le contrat écrit n’ayant été formalisé qu’en septembre 2022.
Pour 2020, la Cour administrative d’appel de Versailles (CAA Versailles, 3e ch., 12 févr. 2026, n° 23VE02257) infirme le jugement de première instance qui avait accordé le doublement. Elle relève que le dirigeant a conclu son contrat de travail à durée indéterminée avec lui-même en sa qualité de président, qu’il est actionnaire majoritaire depuis la création de la société, et surtout qu’il ne ressort d’aucune pièce que le comité scientifique — auquel il devait restituer mensuellement un bilan de ses travaux — disposait d’un quelconque pouvoir de sanction. En l’absence de lien de subordination caractérisé, le doublement est refusé.
Pour 2021, le Tribunal administratif de Versailles (TA Versailles, 5e ch., 2 févr. 2026, n° 2300642) accorde le doublement. Le tribunal s’appuie sur un faisceau convergent : déclaration préalable à l’embauche (DPAE) délivrée par l’URSSAF le 19 septembre 2019, bulletins de paie mentionnant les fonctions de directeur de la recherche à compter de septembre 2019, délibération d’assemblée du 10 septembre 2022 régularisant par écrit le contrat verbal préexistant. Ces éléments, bien que postérieurs au refus de l’administration, sont retenus comme corroborant l’existence du contrat verbal initial.
Pourquoi des résultats opposés sur la même situation ?
La divergence tient à deux différences factuelles entre les deux instances, et non à une contradiction de principe entre les deux juridictions. Pour 2021, la société a produit un faisceau documentaire suffisamment cohérent - DPAE, bulletins de paie, délibération d’assemblée - pour emporter la conviction du tribunal. Pour 2020, la CAA a examiné la réalité du lien de subordination avec une rigueur que le premier juge n’avait pas appliquée : l’absence de pouvoir de sanction du comité scientifique et la circonstance que le dirigeant a signé son propre contrat en qualité de président sont des éléments déterminants. Par ailleurs, la CAA statue dans le cadre d’un appel du ministre, avec un contrôle plus approfondi de la qualification juridique des faits. Il n’est pas exclu que la décision du TA pour 2021 soit à son tour contestée en appel.
Une troisième décision contemporaine (TA Versailles, 5e ch., 2 févr. 2026, n° 2308274) confirme la tendance : le doublement y est refusé à un directeur général titulaire d’un doctorat, faute de contrat de travail à durée indéterminée — le dirigeant occupant ses fonctions sans lien salarial formalisé.
Ce que ces décisions imposent en pratique
Pour les dirigeants-fondateurs titulaires d’un doctorat participant effectivement aux opérations de recherche, trois points méritent une attention particulière dans la documentation du dossier CIR.
Le premier est l’existence d’un organe tiers doté d’un réel pouvoir de contrôle et, si possible, de sanction sur l’activité de recherche du dirigeant — comité scientifique externe, comité de direction avec des attributions formalisées incluant un pouvoir disciplinaire. Un comité consultatif sans pouvoir de sanction ne suffit pas, comme le montre la présente affaire.
Le deuxième est la traçabilité de l’embauche : DPAE contemporaine, bulletins de paie distinguant les fonctions de mandataire social et les fonctions de chercheur, contrat écrit ou lettre de mission. Un contrat verbal peut suffire mais il doit être corroboré par des éléments externes suffisamment précis et contemporains.
Le troisième est la séparation des rémunérations : les dépenses de personnel éligibles au CIR ne peuvent inclure que la fraction correspondant effectivement à l’exercice de fonctions de recherche. La confusion entre rémunération de mandataire social et rémunération de chercheur constitue un motif autonome de rejet, distinct de la question du lien de subordination. Les fiches de suivi du temps de travail constituent un support indispensable, à condition qu’elles soient établies de façon continue et non reconstituées a posteriori.
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Pour aller plus loin : Art. 244 quater B, II, b) du CGI ; Art. L. 612-7 du code de l’éducation ; CAA Versailles, 3e ch., 12 févr. 2026, n° 23VE02257 ; TA Versailles, 5e ch., 2 févr. 2026, n° 2300642 ; TA Versailles, 5e ch., 2 févr. 2026, n° 2308274
