Les dotations aux amortissements représentent un poste sensible du crédit d'impôt recherche. L'article 244 quater B, II-a du CGI pose trois conditions cumulatives : l'immobilisation doit avoir été créée ou acquise à l'état neuf, elle doit être affectée directement à la réalisation d'opérations de recherche, et l'amortissement doit être fiscalement déductible. Trois décisions rendues à l'automne 2025 illustrent chacune un motif de rejet distinct. Leur lecture croisée révèle une exigence probatoire renforcée qui impose aux entreprises une documentation rigoureuse, immobilisation par immobilisation.
L'affectation directe ne se déduit ni de l'acquisition ni de l'activité de R&D
La condition d'affectation directe aux opérations de recherche concentre l'essentiel du contentieux. Les trois décisions de l'automne 2025 convergent sur un point : cette affectation ne se présume pas et ne se déduit d'aucun autre élément du dossier.
La CAA de Toulouse (26 septembre 2025, n° 23TL00802) pose le principe avec la plus grande netteté. Une entreprise de films plastiques revendique l'éligibilité d'une machine de production et d'aménagements de laboratoire. Elle produit à l'appui des factures d'achat et des fiches de demande d'essai. La cour relève que « la production d'une liste des immobilisations retenues par la société au titre du crédit d'impôt recherche, accompagnée des factures d'achat correspondantes, ne permet pas, en elle-même, d'apprécier l'affectation directe des immobilisations concernées aux opérations de recherche ». Quant aux fiches d'essai, elles « n'apportent en revanche aucune indication quant aux immobilisations concernées par les essais en cause ». Le juge exige un chaînage explicite entre l'immobilisation identifiée et l'opération de recherche à laquelle elle contribue : ni la facture seule ni la fiche d'essai seule ne suffisent.
La CAA de Bordeaux (25 septembre 2025, n° 23BX02052) complète cette exigence sous un angle différent. Une entreprise d'embouteillage d'eau de source déclare au CIR les dotations aux amortissements d'un ouvrage de forage, au motif que celui-ci est indispensable à son projet de bouteille biodégradable à base de PLA. Elle invoque la doctrine BOI-BIC-RICI-10-10-10-20 selon laquelle « dès lors qu'un projet est qualifié de projet de R&D, l'ensemble des opérations nécessaires à sa réalisation est considéré comme de la R&D ». La cour écarte l'argument : aucun élément ne démontre que les travaux réalisés sur le forage avaient pour objet d'adapter les installations au projet de R&D. L'indispensabilité opérationnelle d'un bien ne vaut pas affectation directe à la recherche.
Le TA de Montpellier (6 octobre 2025, n° 2204446) illustre enfin une forme particulière de défaut d'affectation. Une entreprise de biotechnologie inscrit à son actif des souches de microalgues génétiquement modifiées qu'elle qualifie de « prototypes créés à l'état neuf ». Le tribunal relève que ces biens « ne sont pas affectés par l'entreprise directement à la réalisation des opérations de recherche mais constituent eux-mêmes le résultat des opérations de recherche ». L'immobilisation doit être un instrument de la R&D, pas son produit.
Les conditions intrinsèques de l'immobilisation : état neuf, identification, nature
Au-delà de l'affectation, les trois décisions rappellent que l'immobilisation elle-même doit satisfaire à des conditions propres, indépendantes de la réalité du projet de R&D.
La CAA de Bordeaux (n° 23BX02052) sanctionne le défaut d'acquisition à l'état neuf. Les installations liées au forage avaient été acquises en 2013 et les travaux ultérieurs « avaient pour objet de remettre en état les installations nouvellement acquises et notamment de respecter les normes et réglementations applicables ». L'entreprise « ne conteste pas n'avoir ni créé ni acquis neufs les biens utilisés ». Des travaux de remise en conformité ou de maintenance ne transforment pas un bien existant en immobilisation acquise à l'état neuf au sens de l'article 244 quater B, II-a.
La CAA de Toulouse (n° 23TL00802) exige une identification précise de chaque immobilisation déclarée. L'entreprise revendique l'éligibilité d'aménagements de laboratoire sans les identifier précisément, « que ce soit dans sa requête ou dans son tableau produit au dossier ». Le moyen est écarté pour insuffisance. L'éligibilité s'apprécie immobilisation par immobilisation, et le juge n'a pas à rechercher lui-même quels biens sont concernés.
Le TA de Montpellier (n° 2204446) introduit un critère de nature qui va au-delà de la condition d'état neuf. Même créées en laboratoire et inscrites à l'actif, les souches de microalgues restent des résultats de la R&D, pas des outils affectés à sa réalisation. Le fait qu'un bien soit amortissable en comptabilité ne suffit pas à le qualifier d'immobilisation éligible au CIR.
Notre analyse : la convergence des motifs de rejet
Ces trois décisions sanctionnent non pas l'absence d'activité de R&D, mais l'insuffisance de la documentation du lien entre l'immobilisation et cette activité. Dans chaque affaire, l'entreprise disposait d'un argument de fond défendable. Ce qui manquait était la preuve structurée du rattachement.
Le TA de Montpellier (n° 2204446) introduit une distinction conceptuelle rarement formulée en jurisprudence, avec des implications directes pour les entreprises de biotechnologie, de chimie ou de matériaux qui inscrivent à l'actif des résultats intermédiaires — souches, molécules, formulations. Ces actifs peuvent avoir une valeur patrimoniale réelle sans constituer des immobilisations affectées à la recherche au sens du CIR.
La CAA de Toulouse (n° 23TL00802) confirme que la preuve de l'affectation ne se déduit ni de celle de l'acquisition ni de celle de l'activité de R&D. L'entreprise produisait des factures et des fiches d'essai, mais aucun document ne reliait les deux. Une attestation déclarative établie a posteriori par le directeur du laboratoire ne suffit pas si elle n'est confortée par aucune trace contemporaine des travaux.
La CAA de Bordeaux (n° 23BX02052) rappelle que la doctrine administrative sur le périmètre des opérations de R&D ne modifie pas les conditions légales de l'article 244 quater B, II-a. La confusion entre indispensabilité opérationnelle et éligibilité fiscale est fréquente dans les dossiers de valorisation, et cette décision la sanctionne clairement.
Portée pratique : trois niveaux de preuve à constituer en temps réel
Les dotations aux amortissements entrent dans l'assiette directe du CIR et alimentent le forfait de dépenses de fonctionnement à hauteur de 75 % (article 244 quater B, II-c du CGI). Un rejet sur ce poste a donc un effet multiplicateur sur le crédit d'impôt final.
Pour chaque immobilisation déclarée, l'entreprise doit pouvoir produire trois niveaux de preuve. La création ou l'acquisition à l'état neuf se démontre par les factures, bons de commande et procès-verbaux de mise en service. L'affectation directe aux opérations de recherche repose sur des éléments contemporains des travaux : journaux d'utilisation, cahiers de laboratoire mentionnant les équipements, fiches de suivi d'affectation par projet et, en cas d'utilisation mixte recherche-production, une méthode de proratisation documentée par des relevés objectifs. La nature même de l'immobilisation doit être interrogée : s'agit-il d'un outil utilisé pour la recherche ou d'un résultat qui en est issu ?
Ce travail de documentation doit s'intégrer dans la gestion courante du projet, pas dans une reconstitution a posteriori lors de la déclaration ou du contrôle fiscal. La traçabilité en temps réel reste le meilleur rempart contre les rejets fondés sur l'insuffisance probatoire.
Pour aller plus loin : TA de Montpellier, 2ème chambre, 6 octobre 2025, n° 2204446 ; CAA de Toulouse, 1ère chambre, 26 septembre 2025, n° 23TL00802 ; CAA de Bordeaux, 6ème chambre, 25 septembre 2025, n° 23BX02052
