Lors d'un contrôle du crédit d'impôt recherche, l'administration fiscale sollicite fréquemment l'avis d'un expert mandaté par le ministère chargé de la recherche (MESR). Cet avis pèse lourd dans la décision de remettre en cause le CIR. Contester la compétence ou l'impartialité de l'expert est un réflexe naturel pour l'entreprise. Pourtant, la jurisprudence montre que ces moyens de défense aboutissent rarement sur le terrain de la régularité de la procédure. Leur portée réelle se situe ailleurs.
Le cadre du contrôle : articles L. 45 B et R. 45 B-1 du LPF
L'article L. 45 B du LPF permet aux agents du MESR de vérifier « la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d'impôt » (art. L. 45 B du LPF). L'administration fiscale reste seule compétente pour appliquer les procédures de rectification.
La procédure de contrôle par le MESR a été structurée par le décret n° 2013-116 du 5 février 2013, codifié à l'article R. 45 B-1 du LPF. Ce texte organise un échange en plusieurs temps : l'agent mandaté envoie une demande d'éléments justificatifs, l'entreprise dispose de trente jours pour répondre (prorogeables de trente jours), et l'agent peut adresser une puis une seconde demande d'informations complémentaires. Si cette seconde demande est envoyée, l'entreprise dispose alors d'un droit d'entretien pour clarifier l'éligibilité de ses dépenses (art. R. 45 B-1, II du LPF).
Ce droit d'entretien, conditionné à l'envoi d'une seconde demande d'informations, reste méconnu. Une entreprise qui ne le sollicite pas ne peut s'en prévaloir ultérieurement (jurisprudence — CAA de Paris, 9ème ch., 28/06/2017, n°16PA00802).
Les trois moyens de contestation et leurs limites
Impartialité de l'expert
Le principe d'impartialité s'impose aux agents mandatés par le MESR, comme à toute autorité administrative. Le Conseil d'État l'a posé sans ambiguïté (jurisprudence — CE, 8ème ch., 25/05/2018, n°407544). Mais la mise en œuvre de ce principe est stricte.
Le contact professionnel avec des entreprises concurrentes ne suffit pas à établir un conflit d'intérêts. La CAA de Versailles a jugé que la circonstance qu'un expert ait pu, dans le cadre de ses fonctions de conseil auprès d'un organisme régional, être en contact avec des concurrents « ne suffit pas à établir qu'il se serait trouvé, dans le cadre de son expertise, en situation de conflit d'intérêt » (jurisprudence — CAA de Versailles, 7ème ch., 20/07/2017, n°16VE01630).
De même, un avis défavorable rendu pour un CIR au titre d'années antérieures ne remet pas en cause l'impartialité de l'expert pour un nouveau litige (jurisprudence — CAA de Nantes, 1ère ch., 23/03/2017, n°15NT01618).
Aucune disposition n'impose à l'administration de communiquer au contribuable les éventuelles déclarations d'absence de conflit d'intérêts des agents (jurisprudence — CE, 8ème ch., 25/05/2018, n°407544).
Compétence technique de l'expert
L'inadéquation entre le domaine de spécialisation de l'expert et celui des travaux examinés est un argument fréquent. Son efficacité est limitée sur le terrain procédural. La CAA de Nantes a jugé qu'un maître de conférences spécialisé dans le domaine de « la structure des flammes » disposait des compétences requises pour apprécier le caractère innovant de travaux menés dans le domaine des cosmétotextiles — deux domaines pourtant éloignés (jurisprudence — CAA de Nantes, 1ère ch., 23/03/2017, n°15NT01618).
Le juge distingue nettement deux plans. L'insuffisance de compétence technique est « sans influence sur la régularité de la procédure suivie » (jurisprudence — CAA de Versailles, 7ème ch., 20/07/2017, n°16VE01630). En revanche, elle « peut être de nature à remettre en cause, au fond, l'appréciation portée sur l'éligibilité des projets au crédit d'impôt recherche ». Cette distinction est stratégique.
Appropriation de l'avis par l'administration
Un troisième axe de contestation porte sur la manière dont l'administration exploite l'avis du MESR. L'administration fiscale peut reprendre les conclusions de l'expert dans la proposition de rectification, à condition de s'être appropriée ses termes. Si elle se borne à renvoyer à l'avis sans analyse propre, le contribuable peut soutenir qu'elle s'est estimée à tort en situation de compétence liée.
La CAA de Paris a jugé que le fait pour le vérificateur de citer des extraits du rapport de l'expert et de conclure en « partageant les avis et arguments de l'expert » constituait une motivation suffisante, conforme à l'article L. 57 du LPF (jurisprudence — CAA de Paris, 5ème ch., 05/10/2017, n°15PA03236). Inversement, si le vérificateur ajoute sa propre analyse, répond de façon argumentée aux observations du contribuable et ne se contente pas de reproduire l'avis, le moyen tiré de la compétence liée est écarté (jurisprudence — CAA de Paris, 7ème ch., 15/11/2017, n°16PA00275).
Implications pratiques : où porter l'effort
La jurisprudence trace une ligne claire. Sur le terrain de la régularité de la procédure, les moyens tirés du défaut d'impartialité ou de compétence de l'expert sont rarement accueillis. La charge probatoire est lourde et les critères retenus par le juge sont exigeants.
Le levier le plus efficace se situe sur le terrain du fond : démontrer que l'appréciation de l'expert est erronée, que l'état de l'art a été mal évalué, ou que les travaux présentent un caractère de nouveauté que l'expert n'a pas identifié. L'insuffisance de compétence technique de l'expert, si elle est établie, peut servir à fragiliser la valeur probante de son avis au fond, sans remettre en cause la procédure.
Trois réflexes à adopter :
Le premier est de solliciter l'entretien prévu par l'article R. 45 B-1, II du LPF dès réception de la seconde demande d'informations. Cet échange permet de clarifier les points techniques directement avec l'expert.
Le deuxième est de documenter l'état de l'art de manière autonome. La jurisprudence montre que les entreprises qui produisent un état de l'art circonstancié, en identifiant précisément les verrous technologiques et les incertitudes scientifiques, renforcent leur position devant le juge.
Le troisième est de contester au fond plutôt que sur la procédure. Si une contre-expertise est envisagée, elle doit apporter des éléments précis et distincts de ceux déjà soumis à l'expert du MESR.
Points d'attention et évolutions récentes
Extension au CICo. Depuis le décret n° 2022-968 du 1er juillet 2022, l'article R. 45 B-1 du LPF vise aussi le crédit d'impôt collaboration de recherche (art. 244 quater B bis du CGI). La procédure de contrôle MESR est identique.
LFI 2025 et nouveau périmètre du CIR. L'article 55 de la loi n° 2025-127 du 14/02/2025 a resserré l'assiette du CIR. La suppression de certaines dépenses (brevets, veille technologique, jeunes docteurs) pourrait générer de nouveaux litiges sur l'appréciation de l'éligibilité par les experts du MESR.
Ce qu'il faut retenir
Contester l'expert du MESR est un réflexe compréhensible mais la voie procédurale est étroite. L'impartialité et la compétence technique de l'expert sont difficiles à remettre en cause devant le juge. L'effort de défense gagne à se concentrer sur le fond : état de l'art, caractère de nouveauté, identification des verrous technologiques. La distinction entre régularité et fond, clairement posée par la jurisprudence, est la clé d'une stratégie contentieuse efficace.
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Pour aller plus loin :Art. L. 45 B du LPF — Contrôle du CIR par le MESR ;Art. R. 45 B-1 du LPF — Modalités du contrôle ;Art. L. 57 du LPF — Motivation de la proposition de rectification ;CE, 8ème ch., 25/05/2018, n°407544 ;CAA de Versailles, 7ème ch., 20/07/2017, n°16VE01630 ;CAA de Nantes, 1ère ch., 23/03/2017, n°15NT01618 ;CAA de Paris, 7ème ch., 15/11/2017, n°16PA00275 ;CAA de Paris, 5ème ch., 05/10/2017, n°15PA03236 ;CAA de Paris, 9ème ch., 28/06/2017, n°16PA00802
