Afin d'aider les sociétés innovantes, le gouvernement, en complément des aides de droit commun, a mis en œuvre des mesures de soutien dédiées comme le Plan Start-up. Toutefois, comme toute entreprise, les sociétés innovantes ont dû recourir massivement, depuis le 16 mars 2020, au télétravail et aux mécanismes d'arrêt maladie pour garde d'enfant(s) de moins de 16 ans ou d'activité partielle, anciennement appelée "chômage partiel".
Ces circonstances exceptionnelles ont une incidence directe pour l'obtention ou le maintien du statut JEI et appellent les entreprises à anticiper dès à présent que le seuil des 15% de dépenses de R&D sera bien atteint au titre de leur exercice en cours.
1. Une dégradation mécanique du ratio JEI.
Pour bénéficier de ce statut, les dépenses de recherche engagées par l'entreprise doivent représenter au moins 15 % des charges fiscalement déductibles au titre de l'exercice considéré. Il n'y a aucun tempérament pour l'appréciation de ce dénominateur qui doit correspondre au total des charges.
En dehors de circonstances particulières attachées à certains secteurs d'activités, l'activité de recherche pour les entreprises ayant besoin d'installations spécifiques pour conduire leurs opérations a pu être drastiquement réduite voire inexistante sur la période de confinement. Naturellement, à l'opposé, certaines sociétés ont profité du ralentissement des opérations courantes pour accélérer leurs projets de R&D, dès lors que leurs domaines scientifiques et techniques le permettent (informatique, analyse de données, …). Cette évidence n'est pas neutre puisque les dépenses de personnel représentent le principal poste de dépenses servant de base de calcul au numérateur du ratio JEI alors que dans le même temps les charges engagées par les sociétés restent stables. Les JEI dont l'activité de R&D a baissé devraient connaître en fin d'exercice un ratio de R&D mécaniquement dégradé qui serait de nature à remettre en cause les avantages fiscaux et sociaux attachés si celui-ci descend sous le seuil des 15%.
2. Quelles incidences sur l'exonération de charges sociales ?
Une entreprise qui a appliqué l'exonération dès le début de l'année civile 2020 et qui constate à sa clôture qu'elle ne remplit pas les conditions requises pour en bénéficier conserve le bénéfice de l'exonération dès lors qu'elle a obtenu une décision de rescrit favorable de l'administration fiscale et que sa bonne foi n'est pas remise en cause ultérieurement par les services fiscaux. Dans cette hypothèse, le droit à l'exonération cesse d'être applicable aux rémunérations versées à compter du premier jour du mois civil de l'exercice suivant.
Inversement, une entreprise qui ne peut se prévaloir d'un rescrit favorable et qui ne satisferait plus à la « condition des 15% » sera alors tenue de reverser les cotisations indûment exonérées au cours de l'exercice considéré auxquelles s'ajoutent le cas échéant les pénalités et majorations de retard.
3. Ce risque peut-il être minoré ou maîtrisé ?
Pour répondre à cette question, il est nécessaire de présenter brièvement le fonctionnement même de l'activité partielle. Durant cette période, le salarié perçoit mensuellement et directement de son employeur une indemnité horaire dont le montant est égal à 70 % de la rémunération brute servant d'assiette au calcul de l'indemnité de congés payés. Ces indemnités d'activité partielle sont exonérées des cotisations de sécurité sociale et de tout prélèvement dont l'assiette est harmonisée avec celle des cotisations, ainsi que des taxes assises sur les salaires. En contrepartie des indemnités d'activité partielle qu'il verse au salarié, l'employeur a droit, pour chaque heure indemnisée, à une allocation d'activité partielle cofinancée par l'État et l'Unédic, dont le taux horaire est de 7,74 € dans les entreprises de 250 salariés au plus et de 7,23 € dans les autres.
Comptablement, deux méthodes se dégagent. La première consiste à traiter l'opération via les comptes de charges. L'indemnité versée par la société est inscrite au débit du compte 6414 « Indemnités et avantages divers » au moment de la comptabilisation des salaires et charges sociales. L'allocation versée par l'État à l'employeur en compensation de l'indemnité versée au salarié est ensuite comptabilisée au débit du compte 443 « Opérations particulières avec l'État » par le crédit du compte de charges 6414 dès que la prise en charge par l'État est acquise. Il n'y a pas lieu d'attendre le remboursement effectif par l'État. Cette méthode présente l'avantage de compenser l'opération immédiatement dans le compte de charges. La seconde méthode consiste à traiter l'opération via les comptes de transfert de charges. La neutralisation des charges constatée se ferait par une inscription de l'allocation versée par l'État au compte 791 "Transfert de charges d'exploitation". Ici, la compensation est donc traitée hors compte de charges.
Ces deux méthodes aboutissent à une même finalité : la compensation, directe ou indirecte, de l'opération. La méthode de comptabilisation opérée par l'entreprise aura une incidence directe sur le dénominateur du ratio JEI.
En cas de compensation immédiate au niveau des comptes de charges (i.e. méthode 1), le total des charges est immédiatement réduit.
Inversement, en cas de compensation par le compte de transfert de charges (i.e. méthode 2) le total des charges est nécessairement rehaussé puisqu'il intègre uniquement le salaire de base. Il serait alors opportun d'opérer une correction ultérieure pour les besoins du statut JEI. Cette pratique apparaît cohérente au regard du fonctionnement même de l'activité partielle. Elle n'est toutefois pas permise en l'état actuel de la législation et pourrait être discutée en cas de contrôle.
Afin de limiter ce risque, la première méthode de comptabilisation doit être privilégiée par les sociétés susceptibles de bénéficier du statut JEI. Des précisions sur ce point sont souhaitables afin de sécuriser les JEI dans leur démarche.
