Les modalités d'intervention des agents du Ministère de la recherche ont été encadrées par Décret n° 2013-116 du 5 février 2013. Codifié à l'article R. 45 B-1 du LPF, il a pour objet :
(i) d'imposer aux agents du ministère chargé de la recherche d'adresser à l'entreprise contrôlée au titre du crédit d'impôt recherche une demande d'éléments justificatifs, de garantir à cette dernière un délai de trente jours pour y répondre, le cas échéant prorogé de la même durée sur demande, de reconnaître à cette entreprise la faculté de s'entretenir avec l'agent chargé du contrôle lorsque, ne pouvant mener à bien son expertise, ce dernier lui a adressé une seconde demande d'informations complémentaires.
(ii) et, enfin, d'imposer la motivation de l'avis rendu par l'agent du ministère chargé de la recherche lorsque la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses contrôlées est contestée.
En dehors de l'hypothèse dans laquelle l'agent chargé du contrôle adresse à l'entreprise une seconde demande d'informations complémentaires, ces dispositions n'imposent pas à cet agent d'engager avec l'entreprise contrôlée un débat oral et contradictoire.
Ces dispositions ont été récemment interprétées par le juge de l'impôt.
1. CAA de VERSAILLES, 1ère chambre, 12/01/2021, 18VE04151.
Dans cette affaire, le juge rappelle que la consultation du ministère chargé de la recherche et de la technologie ne constitue pour l'administration fiscale qu'une simple faculté à laquelle elle n'est pas tenue de recourir. L'Administration est en droit d'exercer son pouvoir de contrôle et de se prononcer (seule) sur les conditions d'octroi du CIR litigieux.
2. Conseil d'État, 9ème - 10ème chambres réunies, 03/02/2021, 431253
Dans cette affaire, le Conseil d'État confirme la position prise par la CAA de Versailles dans son arrêt du 12 janvier 2021 sur la sollicitation facultative du Ministère de la recherche.
D'une manière plus novatrice, le Conseil d'État a ensuite précisé les conditions dans lesquelles la méconnaissance de la procédure précitée est susceptible de la rendre irrégulière, à savoir lorsque le contribuable est privé d'une garantie.
A cette fin, le Conseil d'État a considéré que l'administration avait entaché la procédure d'imposition d'irrégularité en ne suivant pas les modalités de contrôle de la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d'impôt recherche telles qu'elles avaient été modifiées par le décret du 5 février 2013 dès lors que « l'agent du ministère chargé de la recherche, tout en soulignant l'ambiguïté et l'insuffisance des explications fournies par la société pour démontrer le caractère novateur des réponses techniques qu'elle soutenait avoir développées, ne lui avait adressé ni demande d'éléments justificatifs, ni demandes d'informations complémentaires qui lui auraient permis de mener son expertise à bien ». Dans cette affaire il a été considéré que les trois avis successifs rendus par le Ministère de la recherche sur l'éligibilité des projets au crédit d'impôt n'étaient pas de nature à rendre la procédure régulière.
Cette position intéressante reste « particulière » puisque la méconnaissance de ces dispositions s'est produite quelques semaines après l'entrée en vigueur du décret le 15 février 2013.
3. Décret n° 2021-2 du 4 janvier 2021
Par ce décret, le Gouvernement cadre les échanges d'information entre Ministère de la recherche, administration et contribuable. Il modifie à cet effet l'article R. 45 B-1 du livre des procédures fiscales (LPF) afin de permettre aux agents du ministère de la recherche chargés du contrôle du CIR de transmettre à la direction générale des finances publiques « l'avis et, le cas échéant, les copies de documents ou autres éléments motivant cet avis ». Ce n'est pas une révolution en soi puisque ce constat est fréquemment opéré en pratique. S'agissant dorénavant d'une obligation, tout manquement en la matière pourrait, dans certaines circonstances, rendre la procédure irrégulière.
Il modifie également l'article R. 60-1 B du LPF en obligeant le contribuable qui saisit le comité consultatif CIR de lui transmettre, dans un délai de soixante jours suivant la demande, un document de synthèse des contestations afin d'accélérer le traitement des dossiers examinés par ce comité.
