Non, l’agrément CIR n'oblige pas une déduction automatiquement de l'assiette du CIR des factures émises auprès des clients.
Un arrêt récent de la cour administrative d’appel de Paris s’inscrit dans la droite ligne de la décision du 24 janvier 2025.
Il confirme une distinction désormais structurante : seule une R&D réellement menée pour compte propre peut être intégrée dans le CIR d’un organisme agréé, même lorsqu’elle est déclenchée par une commande client.
Une jurisprudence de continuité, pas de rupture
L’arrêt du 13 juin 2025 ne remet pas en cause la solution dégagée quelques mois plus tôt. Il en précise au contraire la portée pratique et les exigences probatoires.
Dans la décision du 24 janvier 2025, la cour avait clairement posé le principe suivant : les factures émises par un organisme agréé ne doivent être déduites de son CIR que lorsqu’elles correspondent à une véritable sous-traitance de R&D, au sens strict de l’article 244 quater B du CGI.
À l’inverse, lorsque la prestation relève de l’ingénierie, et que la R&D est conduite à l’initiative et pour le compte propre de l’organisme, aucune neutralisation automatique n’est exigée.
L’arrêt du 13 juin 2025 reprend exactement ce raisonnement.
Mais il rappelle avec force que cette exception est étroitement encadrée et que la charge de la preuve repose intégralement sur l’organisme agréé .
Lire la précédente analyse : Sous-traitance d’ingénierie : faut-il déduire les factures du CIR ?
Le principe réaffirmé : recherche vendue vs recherche pour compte propre
La cour rappelle la règle de principe : les sommes facturées par un organisme agréé à un client constituent des subventions à déduire de son propre CIR lorsqu’elles rémunèrent une opération de recherche confiée par ce client.
Ce mécanisme vise à éviter toute double valorisation. Il demeure la norme.
Toutefois, la cour confirme une nuance essentielle.
Un organisme agréé peut intégrer dans son CIR des dépenses de recherche même si elles sont suscitées par une prestation pour un tiers, à condition qu’elles répondent cumulativement à trois critères :
- elles constituent de véritables travaux de recherche au sens fiscal ;
- elles poursuivent une finalité propre à l’organisme ;
- elles sont distinctes des prestations d’ingénierie facturées au client.
Cette distinction prolonge directement la logique dégagée par l’arrêt du 24 janvier 2025.
La commande peut être le déclencheur. Elle ne doit pas être la finalité de la R&D.
L’échec probatoire : le cœur de la décision
Des contrats d’ingénierie insuffisants à eux seuls
Dans l’affaire jugée, l’organisme agréé soutenait que les contrats conclus avec ses clients portaient exclusivement sur des prestations d’ingénierie.
Il en déduisait que toute R&D réalisée à cette occasion relevait nécessairement de son compte propre.
La cour rejette ce raisonnement. La qualification contractuelle, même précise, est insuffisante.
L’obligation de résultat, le prix forfaitaire ou l’existence de livrables n’excluent pas, par principe, l’existence d’une R&D.
Ils ne permettent pas non plus de démontrer que cette R&D est autonome.
L’insuffisance de la documentation technique
Le point central de l’arrêt réside dans l’analyse des preuves produites.
Tableaux analytiques, regroupements thématiques, listings de salariés et heures travaillées.
La cour considère ces éléments comme insuffisants. Ils ne permettent ni d’identifier la nature exacte des travaux, ni de distinguer clairement :
- les tâches d’ingénierie réalisées pour les clients ;
- les travaux de recherche menés pour le compte propre de l’organisme.
L’arrêt est particulièrement sévère sur ce point. La production massive de pièces sociales ou comptables ne compense pas l’absence de dossier technique autonome.
Une confirmation de la décision du 24 janvier 2025
L’intérêt de cet arrêt tient autant à ce qu’il dit qu’à ce qu’il ne dit pas. La cour ne remet nullement en cause la solution antérieure.
Elle confirme que :
- l’agrément CIR n’entraîne aucune neutralisation automatique des factures ;
- une prestation d’ingénierie peut coexister avec une R&D pour compte propre ;
- la R&D « induite » peut être valorisée par l’organisme agréé.
Mais elle rappelle également que cette position est exigeante en pratique.
Sans preuve claire de l’autonomie scientifique et technique des travaux, la requalification en sous-traitance est inévitable.
Ainsi, l’arrêt du 13 juin 2025 ne referme pas la porte ouverte en janvier. Il en balise strictement l’accès.
Portée pratique : une ligne jurisprudentielle désormais stable
Pris ensemble, les arrêts des 24 janvier et 13 juin 2025 dessinent une ligne cohérente.
Ce qui est acquis :
- la distinction ingénierie / sous-traitance R&D est centrale ;
- l’agrément n’est ni une présomption d’éligibilité, ni un facteur de neutralisation automatique ;
- la R&D pour compte propre reste possible, même en contexte commercial.
Ce qui demeure difficile :
- la preuve de l’autonomie de la R&D ;
- la séparation opérationnelle entre prestation facturée et recherche interne ;
- la documentation technique suffisamment robuste pour convaincre le juge.
Conclusion
L’arrêt du 13 juin 2025 s’inscrit clairement dans la continuité de la décision du 24 janvier 2025. Il confirme l’ouverture jurisprudentielle en faveur des organismes agréés, tout en en rappelant la rigueur probatoire.
Action recommandée : structurer en amont une documentation technique autonome de la R&D, distincte des prestations d’ingénierie, afin de sécuriser toute valorisation dans le CIR.
--
Pour aller plus loin : Cour administrative d’appel de Paris, 13 juin 2025, n° 23PA03910 ; Cour administrative d’appel de Paris, 24 janvier 2025, n° 23PA02531
