Un organisme de recherche privé agréé au CIR se trouve dans une situation paradoxale : il réalise des travaux de recherche, emploie des chercheurs, expose des dépenses éligibles — mais il ne peut pas nécessairement les intégrer dans l'assiette de son propre crédit d'impôt. L'article 244 quater B, III du CGI lui impose en effet de déduire de la base de calcul de son CIR les sommes qu'il reçoit de ses donneurs d'ordre en contrepartie des opérations de recherche qui lui sont confiées. Ce mécanisme de déduction est le corollaire du droit reconnu à l'entreprise donneuse d'ordre d'intégrer ces mêmes dépenses dans sa propre assiette CIR (CGI, art. 244 quater B, II-d bis). Il vise à empêcher un double avantage fiscal sur les mêmes travaux. La jurisprudence a précisé les contours de cette obligation à travers plusieurs décisions rendues entre 2020 et 2021, en confirmant son caractère absolu dans le cadre de la sous-traitance CIR, tout en dégageant une exception significative lorsque l'organisme agréé engage des dépenses de recherche pour son propre compte.
La déduction est le corollaire du droit au CIR du donneur d'ordre
Le mécanisme repose sur une logique d'attribution exclusive. L'article 244 quater B, II-d bis du CGI permet à l'entreprise donneuse d'ordre de retenir dans l'assiette de son CIR les dépenses exposées pour des opérations de recherche confiées à un organisme privé agréé. En contrepartie, le III du même article impose à cet organisme de déduire de la base de calcul de son propre CIR les sommes reçues à ce titre. L'objectif est d'éviter que la même dépense soit prise en compte deux fois : une première fois par le donneur d'ordre au titre de la sous-traitance, une seconde fois par l'organisme agréé au titre de ses dépenses internes.
La CAA de Paris, dans un arrêt du 15 octobre 2020, a rappelé que le CIR est accordé, dans le cadre de la sous-traitance, aux sociétés donneuses d'ordre « qui sont à l'initiative des opérations de recherche et en supportent le coût », et non aux organismes tiers qui réalisent matériellement ces opérations (CAA de Paris, 2ème ch., 15/10/2020, n° 18PA02890).
La déduction est obligatoire même si le donneur d'ordre renonce à son CIR
L'un des arguments les plus fréquemment avancés par les organismes agréés consiste à soutenir que la déduction ne s'impose pas lorsque le donneur d'ordre n'a pas lui-même revendiqué le CIR sur les sommes facturées. Si le donneur d'ordre renonce à intégrer ces dépenses dans sa propre assiette, il n'y aurait pas de risque de double prise en compte et la déduction perdrait sa justification.
La CAA de Paris a écarté cet argument dans un arrêt du 25 juin 2020 (CAA de Paris, 5ème ch., 25/06/2020, n° 19PA01921). La Cour a jugé que l'organisme agréé ne pouvait retenir dans la base de calcul de son CIR les dépenses facturées à ses donneurs d'ordre, « alors même que les entreprises clientes auraient renoncé à bénéficier du crédit d'impôt recherche à raison des sommes qu'elle leur a facturées ». La déduction est donc obligatoire par nature, indépendamment du comportement fiscal du donneur d'ordre. Cette solution confirme la position du Conseil d'État (CE, 8ème-3ème ch. réunies, 05/03/2018, n° 416836).
Le traitement différencié entre organismes agréés et non agréés respecte le principe d'égalité
Cette obligation de déduction crée une différence de traitement entre les organismes de recherche privés selon qu'ils disposent ou non d'un agrément CIR. Un organisme non agréé qui réalise des travaux de recherche peut intégrer l'ensemble de ses dépenses dans son CIR sans aucune déduction ; un organisme agréé doit déduire les sommes reçues de ses donneurs d'ordre. Cette différence a été contestée sur le terrain du principe d'égalité devant l'impôt.
La CAA de Paris a rejeté ce moyen le 15 octobre 2020. La Cour a considéré que la condition d'agrément et l'exclusion corrélative de la double prise en compte reposent sur un « critère objectif et rationnel en rapport avec l'objectif d'incitation poursuivi ». Les organismes agréés et non agréés sont placés dans des « situations objectivement distinctes au regard du dispositif du crédit d'impôt recherche ». De même, les organismes agréés sont dans des situations différentes selon qu'ils répondent à des donneurs d'ordre éligibles ou non au CIR (CAA de Paris, 2ème ch., 15/10/2020, n° 18PA02890).
L'organisme agréé peut inclure dans son CIR les dépenses de R&D engagées pour son propre compte
Le Conseil d'État a toutefois dégagé une exception importante dans une décision du 18 juin 2021. Un organisme de recherche agréé avait engagé des dépenses de recherche dans le cadre de prestations fournies à ses clients, mais ces prestations n'avaient pas pour objet la réalisation d'opérations de recherche au sens du CIR. L'organisme avait conduit des travaux de R&D de sa propre initiative, suscités par l'exécution de ces contrats mais non commandés par les donneurs d'ordre.
Le Conseil d'État a jugé que « lorsqu'un tel organisme engage des dépenses de recherche pour son propre compte, y compris dans l'hypothèse où elles sont suscitées par l'exécution de prestations pour le compte d'un tiers dont l'objet ne porte pas sur la réalisation d'opérations de recherche, cet organisme peut inclure ces dépenses dans la base de calcul de son crédit d'impôt », sans avoir à déduire les sommes facturées au client (CE, 9ème-10ème ch. réunies, 18/06/2021, n° 433319). Le Conseil d'État ajoute que la circonstance selon laquelle l'organisme avait « répercuté intégralement aux donneurs d'ordre la charge financière liée à ces opérations » est sans conséquence.
Le critère déterminant n'est donc pas la refacturation, mais la nature des travaux : si le donneur d'ordre n'a pas confié à l'organisme la réalisation d'opérations de recherche éligibles au CIR, les dépenses de R&D engagées par l'organisme pour son propre compte échappent à l'obligation de déduction du III de l'article 244 quater B.
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Pour aller plus loin : CE, 9ème-10ème ch. réunies, 18/06/2021, n° 433319 ; CAA de Paris, 2ème ch., 15/10/2020, n° 18PA02890 ; CAA de Paris, 5ème ch., 25/06/2020, n° 19PA01921 ; CE, 8ème-3ème ch. réunies, 05/03/2018, n° 416836 ; CGI, art. 244 quater B
