Une entreprise qui perçoit une aide publique pour un projet de R&D cherche à n'en déduire qu'une fraction de son assiette CIR. Trois jugements rendus entre novembre 2025 et mai 2026 refusent les deux modes de calcul les plus répandus, le prorata par dépenses éligibles et le prorata temporel, et rappellent que le III de l'article 244 quater B du CGI n'autorise qu'un seul découpage : celui des opérations.
Le seul prorata prévu par la loi porte sur les opérations
Le III de l'article 244 quater B du CGI déduit de l'assiette les subventions publiques reçues « à raison des opérations ouvrant droit au crédit d'impôt ». Le texte se réfère à l'opération. Le II, lui, énumère les dépenses. Cette dissociation commande tout : le fait générateur de la déduction est le rattachement de l'aide à une opération éligible, non la nature des dépenses qu'elle finance.
Dès lors qu'un projet ouvre droit au crédit d'impôt, la subvention qui le finance est déduite pour son montant total. Il n'existe pas de découpage intermédiaire.
Le prorata par dépenses éligibles est refusé
C'est le calcul le plus fréquemment pratiqué, et il ne passe pas.
Devant le TA de Marseille, une subvention Bpifrance de 50 000 € finançait des travaux de design et de prototypage confiés à un sous-traitant non agréé, donc inéligibles au CIR. L'entreprise en déduisait qu'aucun retraitement ne s'imposait. Ces travaux s'inscrivant dans une opération de recherche déclarée, le tribunal ordonne la déduction intégrale (TA Marseille, 6e ch., 6 novembre 2025, n° 2300797).
Le TA de Montpellier statue dans les mêmes termes sur une aide Bpifrance de 381 000 €, dont 245 000 € de subvention d'État et 136 000 € d'avance remboursable : « il n'est fait par la loi aucune distinction relativement à l'éligibilité ou non au crédit d'impôt des dépenses exposées dans le cadre de l'opération [...] pour laquelle la subvention a été accordée » (TA Montpellier, 2e ch., 12 mai 2026, n° 2400029). Les prestations non agréées MESRI/DGE ne fondent aucune réfaction.
La cour administrative d'appel de Lyon avait déjà tranché ainsi : la subvention est « entièrement déduite de la base de calcul du crédit d'impôt recherche » (CAA Lyon, 2e ch., 21 septembre 2023, n° 21LY03203).
Ce que le BOFiP dit réellement du prorata
La doctrine administrative admet un prorata, mais pas celui qu'on lui prête. Le BOI-BIC-RICI-10-10-30-20, § 10, vise la subvention afférente à un projet comportant à la fois des opérations éligibles et non éligibles : « seule la fraction de cette subvention afférente aux opérations ouvrant droit à crédit d'impôt devrait être déduite. Cette fraction est déterminée au prorata du montant des opérations ouvrant droit au CIR ».
Le dénominateur est un montant d'opérations, pas un montant de dépenses. Devant le TA de Montpellier, l'entreprise avait retenu 48,49 % au CIR et 8,97 % au CII, taux calculés sur la part de dépenses éligibles au sein d'une opération unique et intégralement éligible : hors du champ de la doctrine invoquée. S'y ajoute une limite procédurale : ce § 10 n'est pas opposable au contribuable qui demande la restitution de son crédit d'impôt, faute de rehaussement au sens de l'article L. 80 A du LPF (CE, 10e et 9e ss-sect. réunies, 3 octobre 2012, n° 342386).
Le prorata temporel est écarté lui aussi
Deuxième réflexe : soutenir que l'aide, versée plusieurs exercices plus tôt, finançait un programme distinct.
Le TA de Paris l'écarte pour une subvention PIA de 30 000 € versée en décembre 2018 et juillet 2019, déduite du CII 2021, en retenant une « identité fonctionnelle et technique » entre le programme financé et l'opération d'innovation déclarée (TA Paris, 2e sect. - 3e ch., 20 novembre 2025, n° 2312421). L'année d'encaissement est indifférente ; seul compte le lien économique entre l'aide et l'opération.
Le BOFiP rattache d'ailleurs la déduction à « l'année ou [aux] années au cours de laquelle ou desquelles les dépenses éligibles que ces avances ou subventions ont vocation à couvrir sont exposées » (BOI-BIC-RICI-10-10-30-20, § 10). C'est un étalement, pas une échappatoire.
Le prorata entre CIR et CII ne peut pas dépasser 100 %
Un découpage reste légitime : la répartition d'une même aide entre l'assiette du CIR et celle du CII lorsque le projet nourrit les deux crédits. Sa limite est arithmétique.
Les chiffres du jugement de Montpellier l'illustrent. L'administration a réintégré la totalité des 381 000 € dans la seule assiette du CIR, tout en admettant le CII tel que déclaré, dont l'assiette avait déjà été amputée de 8,97 % de l'aide, soit 34 176 €. La déduction agrégée atteint 415 176 € pour une aide de 381 000 €. Le III de l'article 244 quater B prescrit la déduction de la subvention, pas au-delà de son montant. Le moyen n'a pas été soulevé.
Le prorata à zéro : quand l'aide n'est pas une subvention publique
Le découpage le plus efficace reste celui qui ramène la déduction à néant. Le Conseil d'État a recentré la notion de subvention publique sur un critère organique, excluant les aides versées par un organisme de droit privé (CE, 9e-10e ch. réunies, 12 juillet 2023, n° 463363). La loi n° 2025-127 du 14 février 2025 de finances pour 2025 a élargi le III aux personnes morales de droit privé chargées d'une mission de service public, pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025. Les exercices antérieurs restent gouvernés par le critère organique de la subvention publique, y compris pour un prêt innovation Bpifrance requalifié en subvention remboursable.
Le prorata se gagne dans la convention, pas dans la déclaration
Puisque le découpage s'opère au niveau des opérations, il doit être écrit là où les opérations sont définies. Une convention Bpifrance qui décrit un projet global unique interdit tout prorata, quelle que soit la ventilation retenue ensuite dans la 2069-A. Une convention qui distingue les opérations de recherche des travaux périphériques, avec un montant d'aide affecté à chacune, ouvre le prorata du § 10 et le rend démontrable.
Une solution contestable, en attente d'arbitrage
Le refus du prorata par dépenses fait supporter au contribuable une double perte : ses dépenses non éligibles restent hors de l'assiette, et l'aide qui les a financées vient réduire le crédit assis sur ses autres dépenses. Poussée à son terme, la règle laisse une subvention excéder l'assiette éligible et produire un crédit négatif, ce que l'économie du dispositif n'a jamais envisagé.
L'état du droit ne repose pourtant que sur un arrêt de cour administrative d'appel et sur des jugements de première instance qui ne lient aucune juridiction. Le Conseil d'État ne s'est jamais prononcé sur le quantum de la déduction. L'arbitrage viendra des cours saisies en appel, puis de la cassation. D'ici là, le délai de réclamation commande la conservation des droits.
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Sources :
CAA Lyon, 2e ch., 21 septembre 2023, n° 21LY03203
TA Marseille, 6e ch., 6 novembre 2025, n° 2300797
