Le traitement des subventions publiques dans l'assiette du CIR et du CII reste l'un des points les plus sous-estimés par les entreprises innovantes. Deux jugements rendus en novembre 2025 - TA Marseille, 6 novembre 2025 et TA Paris, 20 novembre 2025, n° 2312421 - viennent durcir la lecture du III de l'article 244 quater B du CGI. Chacun traite un aspect distinct de la question, mais leur convergence dessine une tendance nette : l'administration et les juridictions du fond adoptent une conception large de l'obligation de retraitement des aides publiques.
La déduction vise le projet, pas la nature éligible des dépenses financées
Le TA Marseille tranche un point que beaucoup d'entreprises considèrent comme acquis : une subvention qui finance des dépenses inéligibles au CIR doit-elle être déduite de l'assiette ?
En l'espèce, l'entreprise avait perçu une subvention Bpifrance de 50 000 € pour financer des travaux de design et prototypage confiés à un sous-traitant non agréé. Les dépenses correspondantes étaient donc inéligibles au CIR. L'entreprise en déduisait logiquement que la subvention n'avait pas à être retraitée.
Le Tribunal écarte cet argument. Le contrat de subvention finançait des « travaux de design et prototypage d'un cathéter spécialisé dans la stimulation du nerf phrénique », travaux qui s'inscrivaient pleinement dans une opération de recherche déclarée au CIR. Seul ce lien entre la subvention et le projet éligible compte.
En appliquant strictement le III de l'article 244 quater B, le juge retient que toute subvention reçue « à raison des opérations ouvrant droit au crédit d'impôt » doit être déduite. Le caractère éligible ou non des dépenses sous-jacentes est indifférent.
La règle posée par le juge est claire : la déduction s'apprécie au niveau du projet de R&D, pas au niveau de chaque dépense prise individuellement.
Une subvention reste déductible même perçue plusieurs années avant
Le TA Paris aborde un second angle : le décalage temporel entre le versement d'une subvention et l'exercice de déclaration du crédit d'impôt.
L'entreprise contestait la déduction d'une subvention PIA de 30 000 € versée par Bpifrance pour le compte de la Ville de Paris, perçue en décembre 2018 et juillet 2019. Elle soutenait que cette aide finançait un programme antérieur, distinct du projet valorisé au titre du CII 2021.
Le juge se fonde sur le rapport de fin de programme du 31 mai 2019, qui décrit l'aide comme destinée au « développement de la nouvelle version de la plateforme numérique ». Or le CII 2021 porte précisément sur le développement de cette même version. Le Tribunal en déduit une « identité fonctionnelle et technique » entre le projet financé par la subvention et l'opération d'innovation déclarée.
L'année de versement de l'aide est donc indifférente pour le juge dans cette affaire. Les éventuels ajustements de calendrier ou de présentation du projet également. Seul compte le lien économique entre l'aide et l'opération prise en compte pour le CII. Une subvention perçue plusieurs années avant la déclaration doit être déduite si elle finance, même partiellement, le même projet.
Un prêt innovation Bpifrance rémunéré est une subvention publique
Le même jugement du TA Paris franchit un cap supplémentaire en requalifiant un prêt innovation Bpifrance de 100 000 € en subvention publique remboursable.
Le raisonnement du Tribunal procède en deux temps. Il examine d'abord l'origine et la finalité des fonds : le prêt est accordé sur les ressources propres du ministère de l'Économie et des Finances, dans le cadre d'un régime d'aide à l'innovation exempté de notification à la Commission européenne. Puis il caractérise les conditions financières : taux nominal de 0,82 % (TEG 0,94 %), durée de 28 trimestres avec un différé de remboursement de 8 trimestres.
L'entreprise soutenait que ce taux était proche des conditions de marché. Le Tribunal lui oppose la charge de la preuve : faute de démonstration concrète de cette proximité, l'avantage économique est présumé. Le juge retient en pratique le nominal intégral du prêt comme montant à déduire de l'assiette, et non le seul équivalent-subvention en intérêts.
Le rôle de la contractualisation Bpifrance est ici déterminant. C'est l'objet du contrat - origine des fonds, conditions financières, finalité déclarée - qui permet au juge de basculer le financement dans la catégorie des aides publiques. Cette approche prolonge la position retenue par la CAA Marseille, 17 janvier 2019, n° 17MA00207, qui avait qualifié un prêt à taux zéro innovation OSEO de subvention publique.
Le TA Paris l'étend toutefois à un prêt rémunéré, dès lors qu'il reste clairement préférentiel.
Notre analyse : une position alignée sur la pratique administrative, mais critiquable
Ces deux jugements sont cohérents avec la pratique actuelle de l'administration fiscale, qui tend à retraiter systématiquement les aides Bpifrance dans l'assiette du CIR/CII. Ils s'inscrivent également dans la continuité de la loi de finances pour 2025, qui a élargi expressément le champ du III de l'article 244 quater B aux aides versées par des personnes morales de droit privé chargées d'une mission de service public - catégorie dans laquelle Bpifrance peut être rangée.
Pour autant, ces décisions restent critiquables à plusieurs égards.
Sur la qualification du prêt innovation, la position du TA Paris se heurte à la jurisprudence du Conseil d'État de 2023, qui a recentré la notion de subvention publique autour d'un critère organique : seules les aides versées par un organisme public au sens strict étaient visées. Bpifrance, société anonyme de droit privé, n'entre pas dans cette catégorie. La LF 2025 a certes comblé cet écart en élargissant le texte, mais les exercices antérieurs - comme le CII 2021 en cause - relèvent de l'état du droit antérieur. L'application rétroactive de cette logique élargie n'est pas acquise et pourrait être contestée en appel.
Sur la déduction de subventions finançant des dépenses inéligibles, la position du TA Marseille pose une difficulté de fond. Déduire de l'assiette du CIR une subvention dont aucune fraction n'a généré de crédit d'impôt revient à réduire le bénéfice fiscal d'un dispositif auquel les dépenses correspondantes n'ouvrent pas droit. Le contribuable subit une double pénalité : ses dépenses ne sont pas éligibles, et la subvention qui les finance vient diminuer l'assiette de ses autres dépenses éligibles. Ce raisonnement reste discutable au regard de la logique même du dispositif.
Portée pratique
Il convient de souligner que ces deux décisions sont des jugements de première instance. Elles ne lient pas les cours administratives d'appel et pourraient être nuancées, voire infirmées, en appel. La prudence s'impose donc dans l'interprétation de leur portée.
En attendant, les entreprises ont intérêt à anticiper. Chaque aide publique perçue - subvention directe, avance remboursable, prêt à conditions préférentielles - doit être cartographiée et rapprochée des opérations de R&D ou d'innovation déclarées. Le rattachement se fait par projet, pas par ligne de dépense. Un prêt innovation Bpifrance, même assorti d'un taux non nul, doit par défaut être traité comme une subvention remboursable à déduire.
L'administration dispose désormais d'un corpus jurisprudentiel, même de première instance, pour contester l'absence de retraitement. On peut s'attendre à un renforcement de sa vigilance, notamment sur les prêts innovation dont les conditions contractuelles révèlent un avantage économique.
Sur le plan financier, l'enjeu n'est pas négligeable. Même si la mécanique de déduction puis de réintégration au remboursement du prêt peut paraître globalement neutre sur la durée, elle génère un effet de trésorerie significatif pour les entreprises concernées - en particulier les startups et PME innovantes pour lesquelles le CIR constitue souvent un élément structurant du plan de financement.
--
Pour aller plus loin : TA Paris, 2e sect. - 3ech., 20 nov. 2025, n° 2312421 ; TA Marseille, 6e ch., 6nov. 2025, n° 2300797
