Lorsqu'une société bénficiaire du CIR est contrôlée par l'administration fiscale, les redressements éventuels sont notifiés au sein d'une proposition de rectifications. La Société dispose alors d'un délai de 30 jours, prorogé de 30 jours supplémentaires sur simple demande, pour faire connaître ses observations. Lorsque le service vérificateur maintient en totalité ou en partie sa proposition initiale, la Société à la faculté de saisir le chef de brigade puis l'interlocuteur (régional ou départemental) pour faire connaître sa position. Ces voies de recours sont plus communément connues sous le terme de recours hiérarchiques.
Cette faculté provient de la Charte des droits et obligations du contribuable vérifié en application de l'article L.10, alinéa 4 du Livre des Procédures Fiscale.
La possibilité pour un contribuable de s'adresser, dans les conditions édictées par la Charte, à l'interlocuteur départemental ou régional constitue une garantie substantielle ouverte après la réponse faite par l'administration fiscale aux observations du contribuable sur la proposition de rectification. Ces voies de recours sont donc ouvertes aux contribuables redressés à la suite d'une vérification de comptabilité uniquement. En conséquence, si la proposition de rectification fait suite à un contrôle sur pièces (i.e. Proposition de rectification n° 2120), ces recours hiérarchiques ne sont pas permis et pourront être refusés.
Cette faculté de recours hiérarchique est donc présentée à la Société contrôlée en amont de la vérification de comptabilité. Le Conseil d'Etat, dans un arrêt du 17 juin 2021, a été saisi afin de statuer sur la régularité d'une procédure lorsque le service vérificateur ne fait pas référence à la faculté d'user des recours hiérarchiques afin la mise en recouvrement des sommes en litige.
Par un arrêt n° 18LY01773 du 27 août 2019, la Cour administrative d'appel de Lyon a estimé qu'un compte rendu, reçu par la société à la suite d'un recours hiérarchique auprès de l'inspecteur principal, indiquant que « les rectifications qui lui avaient été notifiées étaient maintenues, que la mise en recouvrement des impositions correspondantes interviendrait " sans délai " et qu'elle conservait le droit de présenter une réclamation contentieuse conformément aux articles L. 61 et L. 190 du livre des procédures fiscales » est de nature à induire en erreur la société sur la faculté qui était la sienne de saisir l'interlocuteur départemental au motif qu'elles pouvaient de bonne foi être lues comme l'emportant sur les précédentes informations délivrées dans la charte et dans l'avis de vérification et comme lui faisant part de ce que la voie de recours de l'interlocuteur départemental lui était désormais fermée. La Cour en a déduit que la procédure d'imposition était en conséquence entachée d'une irrégularité de nature à entraîner la décharge des impositions en litige.
Par un arrêt du 17 juin 2021, le Conseil d'État a considéré que la cour a dénaturé la portée de ce compte-rendu et par suite commis une erreur de droit.
Ainsi le fait qu'un compte rendu ne mentionne pas expressément la possibilité de saisir l'interlocuteur départemental à la suite du premier recours hiérarchique n'est pas de nature à remettre en cause les précédentes informations portées à la connaissance du contribuable et à rendre la procédure irrégulière.
