Lorsque l'administration remet en cause un crédit d'impôt recherche, l'entreprise peut-elle se replier sur le crédit d'impôt innovation pour les mêmes projets ? La question de la requalification CIR en CII soulève un enjeu procédural souvent sous-estimé : à quel moment soulever l'éligibilité au CII, et devant quelle instance ? Une affaire tranchée par la CAA de Douai le 19 juin 2025, après renvoi du Conseil d'État, apporte des réponses structurantes. Le comité consultatif du CIR n'a pas compétence pour examiner l'éligibilité au CII. Et l'entreprise qui n'invoque le CII qu'au stade du recours hiérarchique ne peut se plaindre d'avoir été privée de garanties procédurales à ce titre.
Requalification CIR en CII : une fenêtre procédurale étroite
L'affaire porte sur une entreprise de chimie industrielle qui avait déclaré un CIR au titre des exercices 2013 à 2015. Après vérification de comptabilité, l'administration a estimé que les projets ne relevaient pas de la recherche au sens des a), b), c) et j) du II de l'article 244 quater B du CGI. L'entreprise a contesté ce redressement en se prévalant exclusivement du CIR lors de la procédure contradictoire, dans ses observations écrites comme lors du débat oral. Ce n'est qu'au stade du recours devant le supérieur hiérarchique du vérificateur qu'elle a demandé, pour la première fois, la requalification de ses dépenses en CII (k du II de l'article 244 quater B du CGI).
Le supérieur hiérarchique a maintenu partiellement le CIR pour certains projets, mais rejeté la demande de CII. L'interlocuteur fiscal interrégional a confirmé cette position. L'entreprise a alors saisi le comité consultatif du crédit d'impôt pour dépenses de recherche (article 1653 F du CGI), qui a constaté l'absence de désaccord sur le CIR et s'est déclaré incompétent sur le CII « en l'absence d'examen par le service local compétent ».
La CAA de Douai, dans un premier arrêt du 13 octobre 2022, avait accordé le bénéfice du CII à l'entreprise. Le Conseil d'État a cassé cet arrêt le 23 octobre 2024 (n° 469431) et renvoyé l'affaire. Après renvoi, la CAA de Douai (4ème chambre, 19 juin 2025) tranche définitivement : l'entreprise qui n'a invoqué que le CIR pendant la phase contradictoire ne peut « demander pour la première fois, dans le cadre du recours hiérarchique, à bénéficier d'un dispositif fondé sur d'autres dispositions législatives que celles qui étaient en débat devant le vérificateur ». La garantie du recours hiérarchique, prévue par la charte des droits et obligations du contribuable vérifié, ne s'étend pas au CII si ce dispositif n'a jamais été débattu avec le service.
Soulever le CII dès la proposition de rectification
L'enseignement central de cette décision porte sur le timing. L'entreprise qui reçoit une proposition de rectification remettant en cause son CIR doit formuler sa demande subsidiaire de CII dès ses observations en réponse à cette proposition. Attendre le recours hiérarchique ferme la fenêtre procédurale.
Concrètement, trois étapes de sécurisation se dessinent. Première étape : dès la réception de la proposition de rectification, l'entreprise conteste le CIR sur le fond et, à titre subsidiaire, demande la requalification en CII pour les projets qui pourraient y être éligibles. Cette demande doit figurer explicitement dans les observations écrites, avec un raisonnement distinct fondé sur le k du II de l'article 244 quater B. Deuxième étape : en cas de maintien des rectifications, le désaccord porte alors sur les deux dispositifs, ce qui ouvre la voie à un examen complet par le supérieur hiérarchique. Troisième étape : si le désaccord persiste, le comité consultatif pourra être saisi sur les deux terrains, CIR et CII.
L'article L. 59 D du LPF prévoit que le comité intervient « lorsque le désaccord porte sur la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses ». La CAA rappelle que l'incompétence du comité sur le CII, même erronée, est « sans incidence sur la régularité de la procédure d'imposition ». Autrement dit, l'erreur du comité ne constitue pas un vice de procédure exploitable. L'entreprise ne peut pas s'appuyer sur un défaut d'examen du comité pour obtenir la décharge des impositions contestées.
Points d'attention : performances supérieures et charge de la preuve
Sur le fond, l'affaire rappelle que la requalification en CII exige une démonstration autonome. L'entreprise avait développé quatre produits chimiques (traitement des eaux, antimousse, colle époxy, décapant sans dichlorométhane). La CAA de Douai, après renvoi, relève que « les produits élaborés ne font pas l'objet d'une véritable présentation dans les dossiers techniques » et que l'entreprise « ne démontre pas que les performances obtenues apportent une amélioration substantielle par rapport aux produits présents sur le marché ». La preuve des performances supérieures au sens du k du II de l'article 244 quater B exige une analyse comparative structurée avec les produits concurrents, pas une simple affirmation d'amélioration.
Conclusion
La requalification du CIR en CII reste possible, mais elle obéit à un calendrier procédural strict. L'entreprise doit soulever le CII dès la phase contradictoire pour bénéficier de l'intégralité des garanties (recours hiérarchique, comité consultatif). Attendre le recours hiérarchique expose à un rejet procédural que même le Conseil d'État confirme. Cette décision, rendue après cassation, constitue un jalon doctrinal important pour les entreprises confrontées à un contrôle de leur CIR dont les projets pourraient relever du CII.
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Pour aller plus loin : CAA de Douai, 4ème chambre, 19 juin 2025, après renvoi CE n° 469431 ; CAA de Douai, 4ème chambre, 13 octobre 2022, n° 20DA01681
