Votre donneur d'ordre paie directement votre sous-traitant R&D. Pouvez-vous déduire cette dépense en CIR ?
Oui en principe. Le Conseil d'État juge que le paiement direct par un tiers ne fait pas obstacle à l'éligibilité au crédit d'impôt recherche. Mais la suite de l'affaire montre que la preuve de la sous-traitance reste difficile à rapporter. Dans une décision du 26 juillet 2023 (CE, 9ème-10ème ch. réunies, n° 466493), la haute juridiction censure la CAA de Versailles qui avait exclu les dépenses au seul motif de l'absence de paiement direct. Elle renvoie l'affaire pour vérifier si les prestations avaient été réalisées « pour le compte » de l'entreprise. La CAA de Versailles, statuant sur renvoi le 19 décembre 2024 (3ème ch., n° 23VE01763), rejette finalement les prétentions de l'entreprise : dans cette affaire, les organismes étaient des partenaires de consortium, pas des sous-traitants.
Le paiement direct par un tiers n'exclut pas la dépense exposée au sens du CIR
L'article 244 quater B du CGI ne subordonne pas l'éligibilité des dépenses de sous-traitance à un paiement direct par l'entreprise bénéficiaire. Le Conseil d'État pose le principe au considérant 3 de sa décision : lorsqu'une entreprise confie à un organisme agréé l'exécution de prestations nécessaires à la réalisation de ses opérations de recherche, les dépenses correspondantes peuvent être prises en compte pour la détermination du montant de son crédit d'impôt, « quand bien même les prestations sous-traitées feraient l'objet d'un paiement direct par le cocontractant de l'entreprise donneuse d'ordre ».
En l'espèce, une entreprise spécialisée dans les technologies appliquées à l'agriculture avait remporté un marché du CNES pour un projet de recherche. Elle avait conclu un accord de consortium avec quatre organismes de recherche. Le CNES payait directement chaque organisme pour sa part des travaux. L'administration fiscale avait refusé l'éligibilité CIR au motif que l'entreprise n'avait pas décaissé les sommes correspondantes. La CAA de Versailles avait confirmé ce refus dans un premier arrêt du 7 juin 2022 (n° 20VE01942). Le Conseil d'État censure ce raisonnement : le mode de paiement est juridiquement neutre. Le critère déterminant est la réalisation des prestations pour le compte de l'entreprise bénéficiaire.
La qualification de sous-traitance exige la preuve que les prestations sont réalisées pour le compte de l'entreprise
La notion de « dépense exposée » repose sur deux critères cumulatifs : les prestations sont commandées par l'entreprise et réalisées pour son compte. Le paiement constitue un élément de preuve mais pas une condition d'éligibilité. Cette distinction est essentielle pour les montages tripartites où le donneur d'ordre principal finance directement les sous-traitants.
Le Conseil d'État ne valide pas pour autant l'éligibilité des dépenses dans l'affaire qu'il examine. Il se contente de censurer l'erreur de droit de la CAA et renvoie l'affaire pour qu'elle vérifie un point précis : les prestations réalisées par les quatre organismes l'ont-elles été pour le compte de l'entreprise titulaire du marché ? La réponse à cette question détermine l'éligibilité, pas le circuit financier. L'entreprise qui invoque la déduction de dépenses confiées à des organismes agréés supporte la charge de cette preuve.
La CAA rejette la sous-traitance dans un consortium paritaire : le standard de preuve est élevé
La CAA de Versailles, statuant sur renvoi le 19 décembre 2024 (3ème ch., n° 23VE01763), analyse l'ensemble de la documentation contractuelle et conclut que les organismes n'agissaient pas pour le compte de l'entreprise. Trois éléments emportent la conviction du juge.
Le premier est la structure de gouvernance du projet. L'accord de consortium prévoyait un comité de suivi réunissant les cinq parties au projet, avec des règles de vote ne donnant la primeur à aucun acteur. L'entreprise titulaire du marché n'exerçait qu'un rôle de « coordonnateur » : centralisation des comptes-rendus, déclenchement des paiements du CNES, validation de l'effectivité des travaux.
Le deuxième est la propriété intellectuelle. L'article 5 de l'accord de consortium attribuait à chaque partie la propriété des connaissances acquises pour réaliser le projet. En cas de connaissances nouvelles conjointes, chacun conservait la part correspondant à son apport. Les autres parties ne pouvaient utiliser ces connaissances qu'après concession d'un droit d'exploitation non exclusif et non cessible, moyennant paiement.
Le troisième est l'ambiguïté de la qualification contractuelle. Les documents désignaient les organismes tantôt comme « sous-traitants » dans les modalités financières, tantôt comme « partenaires » ou « parties au projet ». La CAA considère que cette double qualification, combinée aux deux éléments précédents, ne permet pas d'établir que les organismes agissaient pour le compte de l'entreprise. Les attestations rédigées après le contrôle fiscal et l'avis de la compagnie nationale des commissaires aux comptes, fondé sur les seules déclarations de l'entreprise, ne compensent pas cette insuffisance documentaire.
La documentation contractuelle doit établir la destination finale des prestations dès l'origine du projet
L'enseignement principal de cette séquence contentieuse tient dans l'écart entre le principe favorable posé par le Conseil d'État et le rejet prononcé par la CAA en application de ce même principe. Le paiement direct par un tiers ne fait plus obstacle au CIR, mais la preuve du « pour le compte de » exige une structuration contractuelle rigoureuse dès l'origine du projet.
La convention de recherche doit identifier sans ambiguïté le rôle de chaque partie et la destination finale des prestations. Les termes « sous-traitant » et « partenaire » ne sont pas interchangeables : leur emploi alternatif dans un même document affaiblit la qualification. La propriété intellectuelle des résultats doit revenir à l'entreprise qui revendique le CIR, ou à tout le moins cette entreprise doit en être le bénéficiaire principal et identifié. Les rapports techniques des sous-traitants doivent être adressés à l'entreprise bénéficiaire, pas uniquement au donneur d'ordre financeur.
La dépense doit par ailleurs être retenue pour la détermination du résultat imposable de l'entreprise, même sans décaissement direct. Sans cette comptabilisation, la dépense ne peut être « exposée » au sens fiscal. L'inscription comptable de la charge correspondant aux prestations sous-traitées reste un prérequis que l'arrêt de renvoi n'a pas eu besoin d'examiner, les prestations ayant été écartées en amont sur le critère du « pour le compte de ».
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Pour aller plus loin : CAA de VERSAILLES, 1ère chambre, 07/06/2022, 20VE01942 ; Conseil d'État, 9ème - 10ème chambres réunies, 26/07/2023, 466493
