La Cour administrative d'appel de Marseille rejette, dans un arrêt du 7 novembre 2025, l'appel du ministre contre un jugement ayant accordé la restitution du crédit d'impôt recherche à une entreprise spécialisée dans les mesures en environnement souterrain. Le rapport d'expertise mandaté par la DRRT est qualifié de « très imprécis », « sommaire et non étayé ». Face à un dossier technique détaillant les verrous scientifiques et l'état de l'art à la date du projet, la Cour confirme l'éligibilité. Le tribunal administratif de Marseille avait déjà statué en ce sens le 29 septembre 2023, sans recourir à l'expertise judiciaire demandée par l'entreprise.
Cette décision s'inscrit dans un mouvement jurisprudentiel encore minoritaire mais significatif : lorsque l'expertise DRRT présente des carences manifestes, le juge peut s'en affranchir et statuer sur la base des éléments techniques produits par l'entreprise.
Une expertise écartée à deux niveaux de juridiction
L'entreprise développe, dans le cadre d'un programme pluriannuel de recherche mené pour le compte du Bureau de recherches géologiques et minières (BRGM) entre 2004 et 2016, un projet de dimensionnement de cavités souterraines par imagerie laser infrarouge. L'administration remet en cause l'éligibilité au CIR 2015 en s'appuyant sur un rapport d'expertise établi le 25 mars 2020 par un expert mandaté par la délégation régionale à la recherche et à la technologie de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur.
L'expert qualifie les travaux de « simple adaptation de matériel, avec des objectifs mal présentés » et se borne à indiquer que « différentes sociétés proposent des outils », ajoutant qu'un outil concurrent a été acquis en 2017. Le tribunal administratif relève que l'expert « ne précise ni lesquels, ni s'ils répondent aux mêmes besoins ». La Cour va plus loin en qualifiant le rapport de « très imprécis » et en constatant que la référence à un outil acquis en 2017 « ne donne aucune indication sur l'état de la science en 2015 ». Le rapport ne contient aucune analyse technique de l'état de l'art à la date du projet, aucune étude des verrous propres aux travaux de l'entreprise, et aucune démonstration que les solutions existantes répondaient aux problématiques traitées.
Ce constat rejoint directement les insuffisances sanctionnées par le Conseil d'État dans l'arrêt du 28 septembre 2022, où l'expert avait émis un avis défavorable tout en soulignant lui-même que « de plus amples informations auraient pu modifier le sens de ses conclusions ». La logique est comparable : l'expert formule des critiques sans avoir approfondi l'analyse, puis l'administration fonde son redressement sur cet avis lacunaire.
La différence tient au terrain contentieux. Dans l'arrêt du Conseil d'État de 2022 et dans la décision de la CAA de Versailles du 23 mai 2023, l'irrégularité procédurale - l'omission de demandes documentaires par l'expert - suffisait à annuler le redressement. Ici, la Cour ne se place pas sur le terrain de la procédure mais sur celui du fond : elle écarte l'expertise non pas pour vice de forme, mais parce que son contenu est trop faible pour fonder une remise en cause de l'éligibilité. Cette distinction est déterminante : l'annulation pour vice procédural ne sécurise pas l'éligibilité des dépenses, l'administration pouvant relancer un contrôle régulier. Lorsque le juge statue sur le fond et valide l'éligibilité en écartant l'expertise, la décision tranche définitivement la question pour l'exercice concerné.
Le dossier technique du contribuable fait la différence
Face à une expertise défaillante, la Cour examine les éléments produits par l'entreprise. Celle-ci détaille les dispositifs d'imagerie laser existants à la date du projet — sondes C-ALS de MDL et Carlson Renishaw, sonde BH Viewer 3D de Hytec — et démontre, « sans être contredite », que ces solutions présentaient des lacunes en termes de précision sur courtes et longues distances, ainsi qu'en termes de remontée des données dans un environnement particulièrement difficile : tubages étroits, milieux agressifs, températures et pressions élevées, sondages à plusieurs milliers de mètres sous terre et à l'aveugle.
Le projet visait à résoudre ces verrous par deux développements expérimentaux : la réalisation d'un prototype liant la caméra à la sonde avec une gestion autonome de l'alimentation et des données, et le développement d'un système mécanique à base de coupelles de protection contre le ruissellement issu des cavités, lequel « génère l'altération ou la perte de signal et nuit à la remontée de données fiables ». La Cour constate que ces éléments « ne sont pas sérieusement contredits par le rapport d'expertise précité, sommaire et non étayé » et conclut que le projet pouvait être regardé comme apportant des « améliorations substantielles présentant un caractère de nouveauté ».
Le CIR ne récompense pas l'unicité technologique mais la résolution de verrous scientifiques spécifiques. L'existence de solutions concurrentes ne suffit pas à exclure l'éligibilité si le projet traite des problématiques techniques distinctes. La Cour confirme également que le projet, bien qu'il n'ait pas pu être mené à terme « pour des raisons indépendantes de sa volonté », reste éligible. L'entreprise qui anticipe un contentieux a donc intérêt à structurer son dossier technique dès la déclaration : état de l'art documenté à la date des travaux, verrous formulés avec précision, résultats intermédiaires tracés — y compris les échecs, qui attestent de la démarche expérimentale.
Un mouvement réel mais conditionné à des circonstances spécifiques
Cet arrêt confirme une tendance engagée depuis 2022. Le Conseil d'État a sanctionné les expertises lacunaires dans l'affaire du 28 septembre 2022. La CAA de Versailles a annulé un redressement pour omission de demandes documentaires le 23 mai 2023. Le Tribunal administratif de Lyon a admis, le 18 mars 2025, l'éligibilité CIR malgré un avis défavorable du MESRI confirmé par le Comité consultatif, sur la base d'une expertise indépendante.
Mais la CAA de Lyon du 12 juin 2025 rappelle les limites de cette approche. Lorsque les critiques de l'expert restent trop générales pour être véritablement discutées techniquement, ou qu'aucune irrégularité de procédure caractérisée n'est démontrée, le juge valide la position de l'administration. La même juridiction confirme que les vices de procédure sont appréciés de façon restrictive et que la motivation formelle suffit dès lors que les griefs sont identifiables. Plus largement, les difficultés probatoires liées à l'impartialité et à la compétence des experts restent un obstacle récurrent. En première instance, l'entreprise avait d'ailleurs soulevé un doute sur l'impartialité de l'expert — associé à hauteur de 10 % dans une société concurrente et entretenant une relation de proximité avec le BRGM, commanditaire du programme de recherche. Ce moyen n'a pas été examiné par le tribunal, qui a jugé l'affaire sur le fond sans avoir besoin de statuer sur la procédure.
L'enseignement est double. Il est possible de renverser un avis défavorable lorsque le dossier technique est solide et, le cas échéant, conforté par une expertise indépendante. Mais cela suppose une stratégie contentieuse structurée et une sélection rigoureuse des dossiers à porter devant le juge. L'avis MESRI n'est ni intouchable ni indifférent : il peut être combattu et parfois écarté, mais uniquement au prix d'un travail scientifique et procédural exigeant.
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Pour aller plus loin : CAA de Marseille, 5ème chambre, 7 novembre 2025, n° 24MA00019 ; TA de Marseille, 6ème chambre, 29 septembre 2023, n° 2201752
