À quelle date s’apprécie l’éligibilité des dotations aux amortissements au crédit d’impôt recherche : pendant l’exécution du projet ou au moment de leur comptabilisation ?
La Cour administrative d’appel de Marseille juge que les amortissements exceptionnels comptabilisés après la fin d’un projet de recherche ne sont pas éligibles au crédit d’impôt recherche, faute d’affectation directe aux opérations de recherche au moment de leur comptabilisation.
Par un arrêt du 4 décembre 2025, la Cour rejette la demande de restitution complémentaire de crédit d’impôt recherche présentée par une entreprise spécialisée dans la conception de systèmes opto-électroniques, qui avait intégré dans sa déclaration CIR 2019 des dotations aux amortissements exceptionnels correspondant à la valeur nette comptable d’immobilisations affectées à un projet de recherche finalisé le 30 juillet 2019.
La Cour rappelle que, si ces dotations exceptionnelles sont fiscalement déductibles du résultat imposable, elles ne peuvent être retenues dans l’assiette du crédit d’impôt recherche dès lors que les immobilisations concernées ne sont plus affectées à la réalisation d’opérations de recherche scientifique et technique à la date de leur comptabilisation. La condition d’affectation directe prévue à l’article 244 quater B du Code général des impôts doit en effet s’apprécier au moment précis où les dotations aux amortissements sont enregistrées en comptabilité, et non au regard de l’utilisation passée des immobilisations pendant le projet.
Cette décision met en lumière une distinction structurante entre, d’une part, les amortissements annuels comptabilisés pendant la phase de recherche, susceptibles d’entrer dans l’assiette du CIR, et, d’autre part, les amortissements exceptionnels constatés à la clôture du projet, qui en sont exclus. Elle appelle, en pratique, une vigilance accrue dans la structuration comptable et fiscale des projets de recherche, en particulier lors de leur achèvement.
Distinction entre amortissements annuels et exceptionnels
Amortissements pendant l'affectation aux travaux de recherche
L'article 244 quater B, II-a du Code général des impôts prévoit que les dépenses de recherche ouvrant droit au crédit d'impôt comprennent les dotations aux amortissements des immobilisations créées ou acquises à l'état neuf et affectées directement à la réalisation d'opérations de recherche scientifique et technique. L'article 49 septies I de l'annexe III au même code précise qu'il convient de retenir les dotations aux amortissements fiscalement déductibles.
Le projet de recherche en cause consistait à concevoir et développer un système d'imagerie active TéraHertz pour le contrôle en ligne des composés pharmaceutiques. Les immobilisations correspondaient aux composants et matériaux entrant dans la conception de deux prototypes d'imagerie et de mesure d'épaisseur de comprimés et gélules. Ces immobilisations ont été régulièrement amorties pendant la durée du projet selon un plan d'amortissement linéaire ou dégressif conforme aux règles comptables et fiscales.
Pendant la période où les immobilisations étaient affectées à la réalisation des opérations de recherche, les dotations aux amortissements annuels calculées selon le plan d'amortissement ont pu légalement entrer dans l'assiette du crédit d'impôt recherche. Cette éligibilité repose sur le respect cumulatif de deux conditions : la déductibilité fiscale des amortissements et l'affectation directe des immobilisations aux opérations de recherche. Les amortissements annuels comptabilisés jusqu'au 30 juillet 2019, date de finalisation du projet, remplissaient ces deux conditions et ont donc été admis dans le calcul du crédit d'impôt.
Amortissements exceptionnels de fin de projet
Le projet de recherche a été finalisé le 30 juillet 2019. À cette date, les immobilisations affectées au projet présentaient une valeur nette comptable de 255 375 euros, correspondant à la part non encore amortie selon le plan d'amortissement initial. L'entreprise a procédé, conformément aux règles fixées par le Plan comptable général, à une comptabilisation de cette part non amortie au compte 687100 "dotations aux amortissements exceptionnels des immobilisations".
Ces dotations aux amortissements exceptionnels sont fiscalement déductibles du résultat imposable en application des articles 39 et 236 du Code général des impôts et de l'article 38 quater de l'annexe III au même code. Ce dernier dispose que les entreprises doivent respecter les définitions édictées par le Plan comptable général, sous réserve que celles-ci ne soient pas incompatibles avec les règles applicables pour l'assiette de l'impôt. La déductibilité fiscale des amortissements exceptionnels ne fait donc pas débat.
L'entreprise soutenait que ces dotations exceptionnelles, dès lors qu'elles étaient fiscalement déductibles et correspondaient à des immobilisations qui avaient été affectées au projet de recherche jusqu'à son terme, devaient être prises en compte dans l'assiette du crédit d'impôt recherche 2019. Elle faisait valoir que les immobilisations avaient été utilisées jusqu'au 30 juillet 2019 pour les besoins du projet et que celui-ci, bien que ses résultats n'aient pas permis de répondre aux problématiques du secteur pharmaceutique, aurait atteint ses objectifs techniques.
La Cour rejette cette argumentation en jugeant que les dotations aux amortissements exceptionnels ne peuvent être prises en compte dans l'assiette du crédit d'impôt recherche. Les amortissements comptabilisés au 31 juillet 2019 pour la valeur nette des immobilisations avaient pour seul objet de tenir compte du fait que ces immobilisations n'étaient plus affectées, à cette date, à la réalisation d'opérations de recherche. L'affectation directe aux opérations de recherche constitue une condition prévue par l'article 244 quater B, II-a du Code général des impôts, qui s'apprécie nécessairement au moment de la comptabilisation des dotations aux amortissements.
Condition d'affectation directe aux opérations de recherche
Cessation de l'affectation à la date de fin du projet
La Cour administrative d'appel considère que l'affectation des immobilisations aux opérations de recherche cesse à la date de finalisation du projet. Au 31 juillet 2019, les prototypes d'imagerie et de mesure développés dans le cadre du projet de recherche n'étaient plus affectés à la réalisation d'opérations de recherche scientifique et technique au sens de l'article 244 quater B du Code général des impôts.
Cette interprétation conduit à distinguer deux périodes fiscalement différentes. Pendant la durée du projet, soit du début des travaux jusqu'au 30 juillet 2019, les immobilisations remplissaient la condition d'affectation directe et leurs amortissements annuels entraient dans l'assiette du crédit d'impôt. À compter du 31 juillet 2019, date de comptabilisation des amortissements exceptionnels, les immobilisations ne remplissaient plus cette condition d'affectation, ce qui exclut l'éligibilité de ces dotations exceptionnelles.
Le fait que les immobilisations aient été effectivement utilisées jusqu'au terme du projet et que celui-ci ait atteint ses objectifs techniques ne modifie pas cette analyse. L'article 244 quater B, II-a du Code général des impôts exige une affectation directe à la réalisation d'opérations de recherche au moment où les amortissements sont comptabilisés. Les dotations exceptionnelles, comptabilisées après la finalisation du projet, ne peuvent bénéficier de cette affectation qui a cessé avec l'achèvement des travaux de recherche.
Rejet de l'opposabilité de la doctrine administrative
L'entreprise tentait de se prévaloir, sur le fondement de l'article L. 80 A du Livre des procédures fiscales, du paragraphe 70 de la doctrine référencée BOI-BIC-CHG-20-30-30 du 1er mars 2017. Ce paragraphe admet qu'en cas d'échec du projet de recherche, les frais correspondants inscrits à l'actif doivent être immédiatement amortis en totalité. L'entreprise estimait que cette doctrine administrative l'autorisait à intégrer les amortissements exceptionnels dans l'assiette du crédit d'impôt recherche.
La Cour écarte cette argumentation pour deux motifs distincts. En premier lieu, l'article L. 80 A du Livre des procédures fiscales ne s'applique qu'aux rehaussements d'impositions ou aux redressements. Or, la décision de l'administration refusant de rembourser un crédit d'impôt recherche ne constitue ni un rehaussement d'imposition, ni un redressement. L'entreprise ne peut donc utilement invoquer l'opposabilité de la doctrine administrative dans le cadre d'une demande de restitution de crédit d'impôt.
En second lieu, le paragraphe 70 de la doctrine BOI-BIC-CHG-20-30-30 ne comporte aucune interprétation différente de celle qui résulte de la loi fiscale. Cette doctrine traite des conditions d'amortissement des frais de recherche et développement au regard du résultat imposable, sans se prononcer sur les conditions d'éligibilité des dotations aux amortissements au crédit d'impôt recherche. L'absence d'interprétation divergente par rapport au texte légal prive l'entreprise de la possibilité de se prévaloir de cette doctrine, même si l'article L. 80 A avait été applicable.
Portée pratique et recommandations opérationnelles
Cette jurisprudence impose de distinguer rigoureusement les amortissements annuels comptabilisés pendant l'affectation aux travaux de recherche des amortissements exceptionnels comptabilisés à la fin du projet. Seuls les premiers entrent dans l'assiette du crédit d'impôt recherche.
La valeur nette comptable résiduelle des immobilisations à la date de finalisation du projet ne génère aucun crédit d'impôt recherche, même si les immobilisations ont été utilisées jusqu'au terme des travaux et que le projet a atteint ses objectifs techniques. Cette part non amortie reste déductible du résultat imposable mais n'ouvre pas droit au taux majoré de 30% applicable au crédit d'impôt recherche.
Pour optimiser le bénéfice du crédit d'impôt, les entreprises peuvent ajuster la durée d'amortissement des immobilisations affectées aux projets de recherche pour faire coïncider la fin du plan d'amortissement avec la durée prévisionnelle du projet. Un amortissement accéléré compatible avec les règles fiscales et comptables permet de maximiser les dotations éligibles au crédit d'impôt.
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Pour aller plus loin: Cour administrative d'appel de Toulouse, 1ère Chambre, 4 décembre 2025, 23TL02695
