Publié le 25/03/2025 — mis à jour le 07/10/2026
Face à un double refus du ministère de la Recherche (MESR) et du comité consultatif du CIR, une entreprise peut-elle encore obtenir gain de cause ?
Oui mais uniquement à certaines conditions.
Dans un jugement du 18 mars 2025, le Tribunal administratif de Lyon rappelle un principe fondamental en contentieux CIR :
les avis techniques administratifs ne lient pas le juge, à condition que l'entreprise parvienne à produire une contre-analyse technique suffisamment robuste.
Dans cette affaire, le levier décisif n'a pas été une expertise isolée, mais la convergence de plusieurs expertises indépendantes, portant sur des périodes différentes et reposant sur un socle technologique commun
Le TA de Lyon valide l'expertise indépendante face au MESR
L'administration fiscale avait rejeté 579 928 € de créance CIR pour 2015 concernant un projet « machine à café portionné », s'appuyant sur deux avis défavorables : l'expertise du ministère de la Recherche et la confirmation du comité consultatif du CIR.
L'entreprise a produit deux contre-expertises convergentes. La première, mandatée directement auprès d'un expert indépendant (27 décembre 2022), conclut à l'éligibilité. La seconde provient d'une expertise judiciaire ordonnée par la CAA de Lyon dans un autre litige sur les années 2013-2014 (22 mars 2024).
Cette double validation technique par deux experts différents renforce la crédibilité de l'argumentaire. Le tribunal considère que ces rapports démontrent le caractère de développement expérimental au sens de l'article 244 quater B du CGI : nouveauté des travaux, incertitudes techniques résolues, réalisation effective d'un développement expérimental.
Le tribunal a refusé d'ordonner une nouvelle expertise judiciaire. Les deux contre-expertises produites suffisaient à établir l'éligibilité face aux avis défavorables.
Ce que cette décision change en pratique
Cette décision ne consacre pas un « droit à la contre-expertise ». Elle clarifie en revanche le niveau d'exigence attendu pour renverser un double avis défavorable.
Le juge administratif ne se positionne pas comme un arbitre technique abstrait. Il raisonne à partir d'un critère clé : la crédibilité cumulée des analyses produites.
Et c'est ici que réside le véritable enseignement.
Recommandation : sécuriser une convergence technique
En contentieux CIR, une expertise technique isolée demeure fragile face à l'avis du MESR. Elle peut être relativisée comme une simple opinion concurrente.
Le facteur réellement déterminant, tel que validé par le tribunal, est la convergence de plusieurs expertises distinctes, établies :
- à des moments différents,
- dans des cadres procéduraux distincts,
- mais portant sur le même socle technologique.
Dans cette affaire, ce n'est pas la qualité intrinsèque d'un rapport qui a emporté la conviction du juge, mais le fait que deux experts indépendants, non coordonnés, aboutissent aux mêmes conclusions techniques.
Le raisonnement implicite du juge
Le juge ne raisonne ni en silo annuel, ni exclusivement sur la base du dossier déclaratif initial. Il adopte une lecture :
- transversale, centrée sur la technologie,
- diachronique, tenant compte de l'évolution des travaux dans le temps,
- et cohérente, à l'échelle du projet ou de la plateforme technologique.
Autrement dit, le caractère R&D s'apprécie comme une trajectoire, non comme une photographie isolée par exercice.
Comment exploiter concrètement cette logique de convergence
D'un point de vue opérationnel, la stratégie consiste à reconstituer un faisceau technique cohérent, en mobilisant notamment :
- des expertises techniques antérieures, même produites pour d'autres exercices fiscaux ;
- des rapports d'expertise judiciaire connexes, issus de contentieux distincts mais portant sur la même technologie ;
- des décisions juridictionnelles précédentes ayant déjà reconnu le caractère R&D de tout ou partie des travaux.
Pris isolément, ces éléments sont discutables.
Pris ensemble, ils objectivent une continuité de développement expérimental que le juge peut difficilement ignorer.
2026 : les contre-expertises qui échouent
Face au rapport de quatre experts du ministère et à l’avis du comité consultatif, des affirmations générales sur l’existence de verrous ne suffisent pas. Le TA de Paris rejette la demande sans ordonner d’expertise, faute d’éléments précis et étayés (TA Paris, 1re sect., 3e ch., 25 février 2026, n° 2410106).
Des contre-expertises générales, qui confirment parfois les lacunes relevées, ne renversent pas un avis DRARI précis. Le même jugement déclare irrecevable la demande de l’administration tendant à ce que le juge ordonne une expertise qu’elle peut diligenter elle-même sur le fondement de l’article R. 45 B-1 du LPF (TA Dijon, 2e ch., 10 juin 2026, n° 2300835).
Une contre-expertise privée de 2025, fondée sur un dossier justificatif réécrit sept ans après les faits, n’est pas de nature à contredire l’expertise et l’avis du comité (TA Rennes, 2e ch., 1er octobre 2026, n° 2405698). Une expertise favorable rendue pour une année ultérieure ne vaut pas pour un projet d’objet différent, et l’expertise rendue pour une année peut fonder le refus de l’année suivante pour des projets présentés comme poursuivis (TA Paris, 1re sect., 1re ch., 22 septembre 2026, n° 2508072).
Ces décisions confirment la logique du jugement lyonnais : la contre-expertise convainc lorsqu’elle porte sur le même socle technique, qu’elle est contemporaine et qu’elle répond point par point aux constats de l’expert.
Conclusion
Le jugement du 18 mars 2025 confirme une réalité souvent sous-estimée : en contentieux CIR, ce n'est pas l'opposition frontale au MESR qui fonctionne, mais la démonstration d'une cohérence technique globale, validée à plusieurs reprises dans le temps.
L'enjeu n'est plus de prouver que le MESR a eu tort une fois, mais de montrer que plusieurs analyses techniques autonomes convergent durablement vers la même qualification fiscale.
C'est cette convergence longitudinale, et elle seule, qui permet aujourd'hui de renverser un dossier réputé perdu après un double refus.
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Pour aller plus loin : TA Lyon, 6e ch., 18 mars 2025, n° 2300289 ; TA Paris, 1re sect., 3e ch., 25 février 2026, n° 2410106 ; TA Dijon, 2e ch., 10 juin 2026, n° 2300835 ; TA Paris, 1re sect., 1re ch., 22 septembre 2026, n° 2508072 ; TA Rennes, 2e ch., 1er octobre 2026, n° 2405698
