Par un arrêt du 5 mars 2018[1], le Conseil d'Etat a confirmé les modalités de calcul du CIR au sein des organismes agréés en consacrant la légalité des commentaires administratifs issues de la mise à jour de la base BoFip de 2014.
S'agissant de ces bénéficiaires, le législateur prévoit au sein du III de l'article 244 quater B que les sommes reçues en contrepartie des opérations réalisées et facturées à un donneur d'ordre doivent être déduites de l'assiette de leur propre crédit d'impôt. La règle s'agissant des organismes agréés est donc la déduction, comme cela a été rappelé par la jurisprudence. Cette disposition a pour objet d'éviter que les mêmes opérations de recherche ouvrent droit deux fois au crédit d'impôt (pour le donneur d'ordre et pour le sous-traitant).
Suivant la doctrine administrative[2], cette règle s'applique même si le donneur n'a pas réintégré les dépenses en cause au sein de son propre CIR soit par l'effet de règles de plafonnement soit d'une renonciation volontaire. Il existe toutefois une exception à ce principe : lorsque l'entreprise qui lui a confié les travaux de recherche ne satisfait pas à l'ensemble des conditions prévues à l'article 244 quater B du CGI.
Le Conseil d'Etat, saisie d'une question prioritaire de constitutionnalité, a rappelé que le législateur a accordé le bénéfice du CIR, dans le cadre spécifique du recours à la sous-traitance, " aux sociétés donneuses d'ordre qui sont à l'initiative des opérations de recherche et en supportent le coût et non aux organismes tiers qui réalisent matériellement les opérations". La Haute juridiction a considéré que cette règle est fondée sur un critère objectif et rationnel en rapport avec l'objectif d'incitation poursuivi qui consiste à " inciter les entreprises industrielles et commerciales imposées en France d'après leur bénéfice réel à investir davantage dans la recherche et le développement".
Le Conseil d'Etat en a conclut que la question prioritaire soulevée par la requérante n'est pas nouvelle et ne présentait pas un caractère sérieux. Elle n'a en conséquence pas été renvoyée auprès du Conseil constitutionnel. Au sein de cette affaire, il a également été considéré que les commentaires administratifs attaqués ne méconnaissent les dispositions législatives qu'ils interprétent.
Afin de trancher la problématique soulevée, le Conseil d'Etat s'appuie sur la volonté du législateur qui a voulu, par la mise en place du CIR, encourager les sociétés qui sont à l'initiative des travaux et qui investissent dans la recherche en augmentant le volume de dépense qu'elles consacrent à de telles opérations.
Cette logique est partagée par la Cour administrative d'appel de Bordeaux[3] qui a refusé le bénéfice du crédit d'impôt à une société de portage salariale " qui conclut avec l'entreprise cliente un contrat commercial de prestation de portage (…) et ayant seulement pour objet de mettre des chercheurs à la disposition de ses clients, ne peut prétendre au bénéfice du crédit d'impôt recherche pour des recherches dont elle-même n'a pas défini le contenu ni supporté le coût et les risques."
