Non, pas automatiquement. La CAA de Paris juge le 24 janvier 2025 que les factures émises par un organisme agréé ne sont pas à déduire du CIR lorsqu'elles correspondent à des prestations d'ingénierie impliquant une R&D réalisée pour le compte propre de l'entreprise, pas à de la sous-traitance de R&D. L'arrêt établit que l'agrément ne détermine pas le régime fiscal des factures. Seule la qualification réelle de la prestation compte. Mais la frontière entre ingénierie avec R&D interne et sous-traitance de R&D repose sur des critères factuels dont l'appréciation reste subjective.
Quand les factures doivent-elles être déduites par un organisme agréé ?
Les factures doivent être déduites du CIR uniquement lorsque l'organisme agréé agit en sous-traitance de R&D au sens strict de l'article 244 quater B du CGI. Les sommes facturées au donneur d'ordre sont alors assimilées à des subventions publiques au sens du III de l'article 244 quater B. L'organisme agréé ne peut pas intégrer les dépenses correspondantes dans son propre CIR.
Le BOFiP précise ce régime de neutralisation : "les sommes facturées par les organismes de recherche agréés au titre de prestations de recherche constituent des subventions publiques qui doivent être déduites de l'assiette du crédit d'impôt de l'organisme agréé" (BOI-BIC-RICI-10-10-30-20, 04/07/2023, § 90).
Cette règle ne dépend pas de l'agrément en lui-même, mais de la qualification réelle de la prestation. L'agrément CIR constitue uniquement un label de compétence technique attestant que l'organisme est capable de réaliser des travaux de recherche. Il ne détermine pas automatiquement le régime fiscal des factures émises.
L'obligation de déduction s'applique lorsque la mission est contractuellement qualifiée de R&D, que la recherche est réalisée pour le compte du client donneur d'ordre, que les résultats de recherche sont transférés au donneur d'ordre, et que la facturation est identifiée comme opération de recherche.
Distinction entre ingénierie et sous-traitance de R&D
La CAA de Paris (24 janvier 2025) applique une distinction établie entre ingénierie et sous-traitance de R&D. L'entreprise était agréée CIR mais les contrats portaient sur des prestations d'ingénierie avec livrable.
La recherche n'était pas l'objet de la commande. Le client commandait un produit d'ingénierie (conception, développement, livrable fonctionnel), pas des travaux de recherche. L'existence de travaux de R&D pour réaliser ce livrable ne transforme pas la prestation en sous-traitance de R&D.
Les clients ne déclaraient pas ces dépenses au CIR. Cette absence révèle que les clients ne considéraient pas avoir acquis des opérations de recherche au sens de l'article 244 quater B du CGI.
Les travaux de R&D étaient réalisés à l'initiative de l'entreprise. L'organisme agréé menait des recherches techniques pour améliorer ses propres méthodes, optimiser ses processus ou développer des compétences internes. Ces recherches étaient déclenchées par la commande d'ingénierie mais réalisées de façon autonome.
La Cour retient explicitement que "la circonstance que l'entreprise soit titulaire d'un agrément CIR ne suffit pas à caractériser que les prestations facturées constituent des opérations de sous-traitance de R&D". La R&D, bien qu'induite par la commande, était menée pour le compte propre de l'organisme agréé.
Les factures ne constituent donc pas des subventions au sens du III de l'article 244 quater B du CGI. Aucune déduction n'est exigée dans l'assiette du CIR de l'organisme agréé.
Zones grises contentieuses révélées par l'arrêt
L'arrêt établit que l'agrément ne crée pas d'obligation systématique de déduction des factures. Mais cette décision révèle quatre difficultés d'appréciation qui rendent la qualification incertaine dans de nombreux cas de prestations techniques.
R&D induite par la commande versus R&D sous-traitée
L'arrêt retient que la R&D était "déclenchée par la commande" mais "menée pour le compte propre" de l'organisme. Cette distinction suppose de séparer R&D autonome et R&D pour le compte du client dans un contexte où les deux sont intimement liées.
Un organisme agréé développe un algorithme innovant pour répondre au besoin d'un client. La R&D sur cet algorithme peut être qualifiée soit de capitalisation interne de compétences (compte propre), soit de recherche réalisée pour le client qui en bénéficie via le livrable (compte du client).
Un bureau d'études conçoit un procédé technique nouveau pour résoudre un problème client. La recherche sur ce procédé peut être qualifiée soit d'enrichissement du savoir-faire interne, soit de recherche réalisée pour le client qui acquiert la solution.
Le client bénéficie toujours indirectement des résultats de la R&D via le livrable d'ingénierie. Déterminer si cette R&D est "pour le compte du client" ou "pour le compte propre" dépend d'une qualification que la réalité factuelle ne permet pas toujours de trancher nettement. L'appréciation reste subjective sans critère objectif stabilisé.
Transfert de résultats de R&D versus livraison du produit
Un livrable d'ingénierie incorpore nécessairement les résultats de la R&D menée pour le concevoir. L'arrêt suppose de distinguer dans ce livrable ce qui constitue un "résultat de R&D" transféré versus un "produit d'ingénierie" incorporant de la R&D autonome.
Un algorithme développé pour un client et intégrant des innovations techniques peut être analysé soit comme résultat de R&D transféré (obligation de déduction), soit comme livrable d'ingénierie incorporant de la R&D pour compte propre (pas de déduction).
L'arrêt ne fixe pas de critères objectifs pour tracer cette frontière. Un même livrable se prête à deux analyses opposées selon que l'on privilégie la dimension transfert de résultats ou la dimension produit d'ingénierie. Cette indétermination expose toute prestation technique incorporant de la R&D à une requalification lors du contrôle fiscal.
Fragilité probatoire de l'absence de déclaration CIR du client
L'arrêt retient que "les clients ne déclaraient pas ces dépenses au CIR" pour en déduire que les prestations ne constituaient pas de la sous-traitance de R&D. Mais l'absence de déclaration CIR du client peut résulter de multiples causes sans lien avec la qualification de la prestation.
Le client peut ne pas avoir droit au CIR (ETI hors plafond, grande entreprise, activité non éligible). Il peut ignorer le dispositif CIR ou ses modalités de calcul. Il peut avoir choisi de ne pas déclarer ces dépenses pour des raisons de prudence contentieuse.
L'absence de déclaration révèle simplement que le client n'a pas mobilisé le CIR. Elle ne prouve pas que la R&D est réalisée pour le compte propre de l'organisme agréé. L'administration peut contester la qualification même si le client n'a pas déclaré les dépenses au CIR, en soutenant que cette absence résulte d'autres causes que la nature de la prestation.
Asymétrie entre qualification contractuelle et appréciation substantielle
Un contrat qualifié "ingénierie" ne suffit pas à sécuriser l'absence de déduction. L'administration examine la réalité factuelle au-delà de la qualification contractuelle choisie par les parties.
L'appréciation substantielle porte sur trois critères : qui décide des orientations de recherche, qui supporte le risque d'échec technique, qui capitalise les résultats de R&D au-delà du livrable. Si le client détermine les axes de recherche, la R&D est réalisée pour son compte. Si le client paie même en cas d'échec, la prestation s'apparente à de la R&D sous-traitée. Si seul le client peut exploiter les résultats, la R&D lui est transférée.
Cette appréciation substantielle rend la sécurisation contractuelle insuffisante. L'administration peut requalifier une prestation d'ingénierie en sous-traitance de R&D en invoquant la réalité factuelle, indépendamment de la qualification contractuelle.
Points de vigilance
L'arrêt établit que seules les prestations qualifiées de sous-traitance de R&D au sens strict entrent dans le champ de l'obligation de déduction. Les contrats mentionnant explicitement une mission de recherche, le transfert intégral des résultats de recherche au client ou l'absence de dossier technique autonome augmentent le risque de requalification en sous-traitance de R&D avec obligation de déduction.
L'absence de déclaration CIR du client constitue un indice favorable mais non déterminant. L'administration peut contester la qualification en soutenant que cette absence résulte d'autres causes que la nature de la prestation.
La qualification contractuelle ne suffit pas. L'administration examine la réalité factuelle : qui décide des orientations de recherche, qui supporte le risque d'échec, qui capitalise les résultats au-delà du livrable. Cette appréciation substantielle expose toute prestation technique incorporant de la R&D à une requalification a posteriori.
Conclusion
La CAA de Paris établit le 24 janvier 2025 que l'agrément CIR ne crée pas d'obligation systématique de déduction des factures. Un organisme agréé ne déduit ses factures que lorsque les prestations constituent de la sous-traitance de R&D au sens strict. Les prestations d'ingénierie impliquant une R&D réalisée pour le compte propre de l'organisme échappent à cette obligation.
Mais cette distinction repose sur une appréciation subjective de critères factuels. La frontière entre R&D induite mais autonome et R&D réalisée pour le compte du client reste floue. Un même livrable se prête à deux qualifications opposées selon la lecture privilégiée.
La qualification contractuelle ne suffit pas. L'administration examine la réalité des conditions d'exécution au-delà de la rédaction contractuelle. L'absence de déclaration CIR du client constitue un indice favorable mais non déterminant, cette absence pouvant résulter d'autres causes que la nature de la prestation.
L'appréciation reste casuistique sans grille de lecture objective. La requalification d'une prestation d'ingénierie en sous-traitance de R&D reste possible lors du contrôle fiscal en invoquant la réalité factuelle des conditions d'exécution.*
--
Pour aller plus loin : CAA Paris, 9e ch., 24 janvier 2025, n°23PA02531
