L'éligibilité d'un projet au CII ne garantit pas le remboursement intégral des dépenses déclarées. C'est l'enseignement principal d'un arrêt de la CAA de Versailles du 8 juillet 2025, dans lequel l'administration reconnaît qu'un projet logiciel relève bien du CII, mais conteste le quantum des dépenses. L'entreprise n'obtient que 56 405 euros sur les 80 000 euros de CII déclarés. La raison : des dotations aux amortissements non justifiées pour des biens pris en crédit-bail et des dépenses de personnel dont la contribution au projet d'innovation n'est pas démontrée. L'affaire rappelle que la charge de la preuve des dépenses éligibles repose intégralement sur l'entreprise, même lorsque le projet est admis.
Projet éligible, dépenses rejetées : le découplage fond et quantum
L'entreprise avait déposé une déclaration de crédit d'impôt recherche et d'innovation au titre de l'exercice 2016 pour un montant total de 174 335 euros, dont 80 000 euros de CII correspondant à un projet logiciel. L'administration a reconnu, devant le tribunal administratif de Cergy-Pontoise, l'éligibilité du projet au CII au sens du k du II de l'article 244 quater B du CGI. Cette concession partielle a conduit à admettre un CII de 56 405 euros. Le tribunal a rejeté le surplus par jugement du 9 décembre 2022.
En appel, la CAA de Versailles (3ème chambre, 8 juillet 2025) confirme le rejet sur deux postes de dépenses. Le premier concerne les dotations aux amortissements. L'entreprise avait inclus dans l'assiette du CII des biens pris en crédit-bail. L'article 244 quater B, II-k, 1° du CGI vise « les dotations aux amortissements des immobilisations créées ou acquises à l'état neuf ». Un bien en crédit-bail n'est pas la propriété du preneur tant que l'option d'achat n'est pas levée. L'entreprise n'a pas produit d'attestation du bailleur confirmant la valeur et l'affectation des biens, et n'a pas justifié de leur affectation effective aux opérations éligibles. La cour écarte ces amortissements sans débat prolongé.
Le second poste rejeté concerne les dépenses de personnel. L'entreprise avait produit les curriculum vitae des salariés exclus par l'administration, arguant que leur expérience professionnelle compensait l'absence de diplôme d'ingénieur. La cour balaie l'argument : le diplôme d'ingénieur « n'est pourtant pas exigé pour le crédit d'impôt innovation ». Le vrai problème est ailleurs. L'entreprise « ne justifie pas de la contribution de ces personnes au projet d'innovation qu'elle a conduit en 2016, alors qu'elle est la seule en mesure de le faire ». La formulation est significative : le juge constate une abstention de preuve, pas une insuffisance de diplôme.
Trois niveaux de preuve à structurer pour chaque déclaration CII
Cette décision met en lumière une architecture probatoire à trois niveaux que l'entreprise doit anticiper dès la déclaration.
Premier niveau : la preuve de l'éligibilité du projet. C'est la démonstration que le produit répond aux critères du k du II de l'article 244 quater B (nouveauté et performances supérieures). Dans cette affaire, l'administration l'a admise sans difficulté.
Deuxième niveau : la preuve de l'affectation des dépenses. Pour chaque ligne de dépense, l'entreprise doit démontrer le lien direct avec les opérations de conception du prototype. Les amortissements exigent un titre de propriété ou, pour le crédit-bail, une attestation du bailleur et la justification de l'affectation effective. Les dépenses de personnel exigent la preuve de la contribution concrète au projet, pas seulement la preuve de la compétence technique du salarié.
Troisième niveau : la preuve du quantum. Les montants déclarés doivent correspondre à une réalité comptable documentée. Les frais de fonctionnement, calculés forfaitairement (75 % des amortissements + 43 % des dépenses de personnel selon le k, 3°), amplifient mécaniquement toute erreur sur les deux premiers postes.
Points d'attention : le piège du crédit-bail et du CV
Deux points pratiques ressortent de cette décision. Le crédit-bail constitue un piège récurrent pour les PME innovantes qui financent leurs équipements par ce biais. Tant que l'option d'achat n'est pas levée, les loyers ne constituent pas des dotations aux amortissements au sens du k, 1°. L'entreprise doit soit lever l'option avant la déclaration, soit exclure ces biens de l'assiette du CII.
Sur le personnel, produire un CV ne suffit jamais à démontrer la contribution à un projet d'innovation. Le juge attend des éléments concrets : fiches de temps, comptes rendus de réunions techniques, cahiers de laboratoire, livrables attribuables. L'entreprise « est la seule en mesure » de fournir ces preuves — cette formulation signifie que le juge inverse le bénéfice du doute en cas d'abstention.
Conclusion
L'éligibilité d'un projet au CII ne présume pas l'éligibilité de chaque euro déclaré. La CAA de Versailles rappelle que la charge de la preuve repose entièrement sur l'entreprise, qui doit documenter trois niveaux distincts : l'éligibilité du projet, l'affectation des dépenses, et le quantum. Les biens en crédit-bail et les dépenses de personnel insuffisamment documentées constituent les deux principales sources de rejet, même lorsque le fond du dossier est solide. Une déclaration CII bien préparée anticipe les trois niveaux de preuve dès la constitution du dossier.
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Pour aller plus loin : CAA de Versailles, 3ème chambre, 8 juillet 2025
