Lorsqu'un crédit d'impôt recherche est remis en cause, l'entreprise peut-elle se replier sur le crédit d'impôt innovation ? La stratégie est juridiquement ouverte, mais deux décisions récentes montrent qu'elle ne s'improvise pas. Le TA de Marseille rejette en octobre 2025 une demande de CII formulée après un redressement CIR, faute de dossier autonome. La CAA de Paris avait déjà en 2021 soulevé la question du timing procédural et des délais de réclamation. Le CII n'est pas un filet de sécurité du CIR : la requalification ne produit d'effet que si elle est préparée avec la même rigueur qu'une déclaration initiale, sur la base de critères d'éligibilité propres et d'une documentation spécifique.
Le dossier CII doit être construit de manière autonome
Le tribunal administratif de Marseille (6ème chambre, 16 octobre 2025, n° 2304079) tranche avec netteté. L'entreprise, spécialisée dans le développement de technologies de géolocalisation et de télésurveillance, fait l'objet d'un redressement portant sur ses crédits d'impôt recherche au titre des années 2015, 2016 et 2017. À la suite du redressement, elle dépose des déclarations rectificatives pour solliciter le CII à hauteur de 15 717 euros et 56 102 euros.
Le tribunal statue sur le fond sans se prononcer sur la recevabilité. La formule est nette : l'entreprise « ne détaille, ni dans les pièces produites à l'appui de sa réclamation, ni dans le cadre de la présente instance, quels projets, pour lesquels elle n'a pas obtenu le crédit d'impôt recherche, auraient été éligibles au crédit d'impôt innovation ». Le seul dossier technique produit porte sur une solution de tracking prédictif, sans démonstration de dépenses d'innovation au sens du CGI. L'entreprise invoque sa participation à un concours international et sa réception par le Président de la République. Le tribunal écarte ces éléments : « la seule circonstance que la société ait participé à un concours international de l'innovation [...] ne suffit pas à démontrer l'éligibilité de telles dépenses au sens du code général des impôts ».
L'échec tient à une confusion fréquente entre les périmètres du CIR et du CII. Le CIR finance la résolution d'incertitudes scientifiques ou techniques. Le CII, défini à l'article 244 quater B, II-k du CGI, couvre la conception de prototypes de nouveaux produits satisfaisant deux conditions cumulatives : le produit n'est pas encore mis à disposition sur le marché et il se distingue des produits existants par des performances supérieures. Un projet rejeté au CIR peut être éligible au CII — mais la démonstration repose sur des critères propres.
La question procédurale : à quel moment requalifier ?
La CAA de Paris (9ème chambre, 20 octobre 2021, n° 20PA00927) éclaire un aspect complémentaire : le cadre procédural de la requalification. L'arrêt confirme que la demande de remboursement du CIR constitue une réclamation préalable contentieuse. La décision de rejet n'a pas le caractère d'une procédure de reprise et les garanties attachées à une telle procédure ne s'appliquent pas (articles L. 45 B et R. 45 B-1 du LPF).
L'arrêt soulève surtout une question stratégique. Le projet examiné, rejeté au CIR au motif que les travaux reposaient sur « la comparaison des performances des techniques existantes » sans avancer l'état de l'art, présentait un profil potentiellement éligible au CII — précisément parce que l'approche comparative des performances est l'un des critères de l'innovation. Si le délai général de réclamation est expiré, le jugement rendu peut-il constituer un « événement » au sens de l'article R. 196-1 c du LPF, ouvrant un nouveau délai ? La doctrine administrative reconnaît qu'« une décision de justice fixant, avec effet rétroactif, la véritable situation du contribuable ou la nature réelle d'un élément d'imposition » constitue un tel événement. Cette voie reste ouverte mais impose une argumentation rigoureuse.
Anticiper la requalification dès le contrôle CIR
La demande de requalification formulée pendant le débat contradictoire préserve l'accès au débat oral et au recours hiérarchique. Une demande tardive, formulée pour la première fois au stade contentieux, sera examinée dans des conditions moins favorables. L'entreprise qui anticipe un redressement CIR a intérêt à préparer simultanément un dossier CII : identification du produit nouveau, benchmark des solutions existantes, démonstration des performances supérieures sur au moins un des quatre critères légaux (technique, écoconception, ergonomie, fonctionnalités), et traçabilité des dépenses affectées à la conception du prototype. Ce dossier parallèle, constitué dès la réception de la proposition de rectification, transforme la requalification d'argument de circonstance en position technique défendable.
Conclusion
Le CIR et le CII sont des dispositifs autonomes. Chacun repose sur ses propres critères, sa propre logique de preuve et sa propre documentation. L'entreprise qui traite la requalification comme un simple reclassement comptable s'expose au même constat que celui du tribunal de Marseille : une demande rejetée faute de substance. La requalification est un outil stratégique légitime, mais elle exige une préparation autonome et un timing maîtrisé. Les entreprises en situation de contrôle CIR ont intérêt à évaluer systématiquement la piste CII dès la phase contradictoire, en constituant un dossier dédié projet par projet.
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Pour aller plus loin : TA de Marseille, 6ème chambre, 16 octobre 2025, n° 2304079 ; CAA de Paris, 9ème chambre, 20 octobre 2021, n° 20PA00927
